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AIST/HQL人体寸法・形状データベース2003

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、産業技術総合研究所デジタルヒューマン研究センターにて実施した人体寸法・形状計測の結果得られた、97名分のデータを公開するデータベースです。3次元人体形状データの利用促進の調査を目的として、データを無償で公開しています。
主な対象データ形態特性データ
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AISTダンスビデオデータベース

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要約AISTダンスビデオデータベース(AISTダンスDB)は、著作権で保護されたダンスミュージックを含むオリジナルのストリートダンスビデオを含む共有データベースです。ダンス情報処理に関する学術研究を推進するストリートダンスに焦点を当てた初めての大規模共有データベースです。
主な対象データ動画
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AIST人体寸法データベース 1991-92

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、日本人成人男女約500名を対象に、1991-1992年に工業技術院 製品科学研究所が行った計測調査の結果を公開するデータベースです。設計支援システム構築のための基礎データ取得を目的として、データを無償で公開しています。データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。
主な対象データ人体のデータ
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AIST人体寸法データベース 1997-98

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、日本人の人体寸法や、質量、重心位置などのデータとして、独自に行った青年男女約200名、高齢者男女100名の体型計測のデータを公開するデータベースです。生命工学工業技術研究所(現: 産業技術総合研究所デジタルヒューマン工学研究センター)と、製品評価技術センター(現: 独立行政法人製品評価技術基盤機構筑波技術センター)が、くらしとJISセンターにおいて行った、福祉機器の安全試験のための人体テストダミー開発を目的として計測されたデータです。データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。
主な対象データ人体のデータ
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AIST歩行データベース2015

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、約200名の歩行データを公開するデータベースです。2013年版と比較して被験者数が増えた他、公開データが各被験者あたり1試行分から5試行分に変更されています。データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。
主な対象データ歩行データ
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AJCSD

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要約日ASEAN化学物質管理データベース(ASEAN-Japan Chemical Safety Database : AJCSD)は、日ASEAN経済産業協力委員会(AMEICC)化学ワーキンググループ(WG-CI)の合意に基づき、日本とASEAN各国が共同で構築したデータベースです。ASEAN各国の化学物質の規制情報や有害性情報、GHS分類結果、サンプルSDS等を収載しています。
主な対象データ化学物質
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ARMLiPDB

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要約"ARMLiPDBは、マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。年齢軸に沿った網羅的肝蛋白質発現解析を、核と細胞質、それぞれの分画蛋白質の網羅的解析を二次元電気泳動と質量計等を駆使するプロテオミックス最先端解析方法で行い、結果を網羅的年齢軸変動データベースとして公開しています(現在は運用していないようです)。[出典]・重点研究支援業務成果報告書(平成14年度?平成19年度)http://www.jst.go.jp/koryu/csspr/h14/h14-06.pdf・JITA ニュースレター(January, 2008. No.16)http://www.jita.or.jp/news/dl/index16.pdf"
主な対象データ遺伝子発現
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ARTRA

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要約タカラバイオ株式会社との共同で作製した、シロイヌナズナのマイクロアレイ情報を提供しているデータベースです。DNAマイクロアレイやRNAi設計に利用できる転写産物や遺伝子特異的な配列を格納しています。
主な対象データ遺伝子発現 マイクロアレイ
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ATTED II

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要約ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ(58実験、1388スライド)です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank(MR)です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
主な対象データ遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ
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Arch GeNet

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要約好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。
主な対象データ遺伝子発現
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CELLPEDIA

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要約CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています(出典:オリジナルサイトより)。
主な対象データ細胞
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CGH Data Base

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要約CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
主な対象データ病気-ガン
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CellMontage

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要約CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。
主な対象データ遺伝子発現 | 細胞 | 組織
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CoP

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要約CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ(5257、3654、1388アッセイ)と、ポプラ(95アッセイ)のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。(出典:オリジナルサイトから)
主な対象データ遺伝子発現
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DAGViz

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要約DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする43の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG(各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス)を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。(オリジナルサイトから)
主な対象データアノテーション GO
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DIAM

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要約遺伝子組換え技術を利用する事業者の利便性向上と安全・安心に対する社会的要請に応える方策の一助として、本システム(微生物産業利用支援データベース、DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes)(略称:DIAM)を構築した。本システムは、産業界におけるバイオセイフティ情報源としての有用性を高めることを目的として、それぞれ独自に開発された二つのデータベース(「組換え微生物等の産業使用促進情報システム」(略称:JBAM)、及び「バイオセイフティデータベース」)を統合したものである。(出典:オリジナルサイトより)(旧URL:http://diam-jba.jp/diam/index.jsp)
主な対象データ文献 、バイオセイフティ情報
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DNA ProbeLocator

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要約アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データ遺伝子発現 プローブ
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DoBISCUIT

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要約DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。
主な対象データアノテーション 、二次代謝産物
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Evola

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要約Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。
主な対象データ比較ゲノム
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EzCatDB

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要約"EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクがはられています。 "
主な対象データタンパク質-立体構造 酵素
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GGDB

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要約糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。 「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。
主な対象データDNA-配列 | 基質 | 発現
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GMDB

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要約結合位置や立体化学の違いによる構造的な複雑さのため、糖鎖の構造解析は容易ではありません。質量分析計はプロテオミクスやメタボロミクスでは不可欠の装置として普及していますが、糖鎖構造解析にも極めて有用であることが認識されつつあります。近年、糖鎖のタンデム質量分析により、位置異性や立体異性を含む詳細な糖鎖構造を解析できることが判ってきました。私たちは、構造が明らかにされた多種の糖鎖を集め糖鎖ライブラリーを構築しています。そして、その糖鎖ライブラリーの各糖鎖について多段階タンデム質量分析スペクトルを取得しています。GMDBはこれらをデータベース化したものであり、スペクトルマッチングによる糖鎖構造の推定に役立てることができます。(オリジナルサイトから)
主な対象データ糖鎖
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GlycoProtDB

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要約GlycoProtDBは、線虫 (Strain N2)およびマウス(C52BL/6J系のオス)の組織を材料として、実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の情報を皆様に提供するためのデータベースである。これらのデータは、東京都立大学(現首都大学東京)大学院理工学研究科の生物化学研究室、並びに独立行政法人産業技術総合研究所の糖鎖工学研究センター(現糖鎖医工学研究センター)との共同研究により得られた成果である。
主な対象データタンパク質-モチーフ
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Glycoforum

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要約Glycoforum?は、糖質科学分野の第一線研究者によるレビューや総説、研究紹介などを掲載し、急速に発展する糖質研究を分かりやすく、専門研究者のみでなく広く興味を持つ人々に紹介し、糖質科学の発展に寄与することを目的として、1997年に開設されました。
主な対象データドキュメント | 論文
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H-ANGEL

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要約H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。
主な対象データ遺伝子発現
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H-Exp

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要約iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。※オリジナルサイトは現在公開を停止しております。
主な対象データ遺伝子発現
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H-InvDB

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要約H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。
主な対象データ"RNA ヒト完全長cDNA, mRNA"
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HESS

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要約HESSはラットを対象とした化学物質の反復投与毒性試験データ及び毒性にかかわる作用機序情報などを集積した毒性知識情報データベース、並びにラットやヒトなどのほ乳類における化学物質の代謝情報から構成される知識情報データベースの2つのデータベースを備えたシステムです。これら2つのデータベースから必要な情報を抽出し、各化学物質間のデータの比較や化学物質の分子構造、物理化学的性質などによる化学物質の分類 (カテゴリー化)を行うことを支援し、カテゴリーアプローチによる未試験化学物質の反復投与毒性の評価を支援することが可能です。 ユーザー登録後にメールアドレスに送信されるURLからHESSをダウンロードできます。
主な対象データ化合物 毒性情報
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INOH Pathway Database

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要約ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの情報を含みます。(備考:BioPAX)(旧URL:http://www.inoh.org/)
主な対象データタンパク質-プロテオーム
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KATANA

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要約シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。多くのデータベース間での変化は、同じ遺伝子を別の注釈を付けることができます。命名規則を鑑み、我々はWebベースのツールKATANA(かずさシロイヌナズナアノテーション抄録; http://www.kazusa.or.jp/katana/)を開発し、ユーザーがシロイヌナズナのゲノム情報に関連する公共のデータベースに1つのサイトからの検索できるように誘導します。(出典:論文より)このツールには、遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー(GO)ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法(MPSS)の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。このツール内のエントリにはそれらのデータベースへのハイパーリンクがあり、元のサイトにアクセスすることで詳細化できます。代謝経路とGOタームの高度な検索も行うことができます。(出典:オリジナルペーパーより)
主な対象データ遺伝子発現 、代謝経路、GO
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KNApSAcK

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要約植物において約10万種以上が同定されているといわれている二次代謝産物の構造は多様性に富んでおり、科や属といった特定の生物分類において存在が確認されていることからも、代謝産物の多様性は生物の進化が反映されたものと考えられています。このことから、代謝産物とそれが同定された生物に関するデータは、生物、化学進化や代謝経路の推定、有用物質を合成する生物の探索等の研究に有用な情報を与えると考えられます。そこで、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステム KNApSAcKを開発し、無償で公開しています。 KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。(出典:オリジナルサイトより)
主な対象データ代謝産物 マススペクトル
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KNApSAck Family

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要約生物種-代謝物データベースのKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されている。また、タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMineやジャムデータベースや漢方薬のデータベースとも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
主な対象データ代謝産物
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KomicMarket

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要約KomicMarket(Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されいます。 KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法(液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析)で検出された代謝物のピークのアノテーション(精密質量に基づく組成式や化合物名候補など)を主に格納しています。(出典:オリジナルサイトより)
主な対象データ代謝産物 、マススペクトル
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LEGENDA

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要約Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。
主な対象データ文献 、遺伝子、疾患、基質
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LfDB

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要約レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、蛍光検出を用いた自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-FD、Fig. 1)を用いて取得した各種レクチンとピリジルアミノ化糖鎖間の結合定数を含む定量的相互作用データを格納しています。本方法で取得した相互作用データの精度、信頼性は非常に高いことから、LfDBは今後、広く生物学研究において貴重な情報源になると考えられます。(オリジナルサイトから)
主な対象データ糖鎖  レクチン
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MALDI-TOF MS微生物同定用ライブラリー(指紋判定法)の提供?

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要約MALDI-TOF MSを用いた微生物の迅速同定技術は、遺伝子解析に比べて少量のサンプルで、迅速かつ簡便で、安価に解析を行えるという利点があり、医療・衛生現場から食品分野の品質管理まで幅広く普及しています。この方法は、微生物毎のMALDI-TOF MSマススペクトルを取得し、指紋判定法により種レベルもしくはそれ以下のグループを識別・同定する方法です。このためには、比較参照とするマススペクトルデータのライブラリーが欠かせません。臨床関連微生物を中心に、一部の微生物群については市販ライブラリーが提供されていますが、産業有用微生物についてのライブラリーが不足している状況です。 NITEは、微生物の安全かつ適切な産業利用を支援するために、NBRCから提供している微生物を中心に、環境汚染物質分解機能を有する菌群及び食品産業に重要な菌群と、それらと区別しづらい日和見感染菌について、MALDI-TOF MSによるライブラリーを構築し、提供しています。
主な対象データマススペクトルデータ
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MEDALS

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要約このサイトです。経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースやツ?ルに関する情報提供サイトです。
主な対象データメタデータ
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MFSearcher

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要約精密質量値から予測される組成式を高速に推定することができるWeb serviceです。 既存の化合物データベースに対する質量値からの検索も高速に行えます(出典:オリジナルサイトより)。
主な対象データ化合物
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MS-MS Fragment Viewer

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要約MS-MS Fragment ViewerはLC-FT/ICR-MS解析で得たフラグメントイオンの構造を予測したFT-MS、IT-MS/MS、FT-MS/MSのスペクトルデータを格納したメタボロミクスデータベースです(出典:オリジナルサイトより)。
主な対象データ化合物 、マススペクトル
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MassBank

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要約MassBank は 慶應義塾大学先端生命科学研究所(IAB) 分析化学グループ、理化学研究所植物科学研究センター(PSC)メタボローム基盤グループが中心となり、 JST-BIRD プロジェクトとして開発する高分解能マススペクトルデータベースです。 MassBankでは類似スペクトル検索、化合物検索、ピーク検索のサービスを提供しています。また、2008年に 日本質量分析学会 の公式マススペクトルデータベースとして認められました(オリジナルサイトより引用)。NEDOプロジェクトの成果(データ)が一部含まれています。
主な対象データマススペクトル
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MassBase

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要約メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags(MST)のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC-MSを用いた7600MST、LC-MSを用いた7100MSTおよびCE-MSを用いた28800MST由来の39100000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト(Scanned mass spectra(SMS))もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseはNEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。(オリジナルサイトから)
主な対象データ代謝産物
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NBRC (Biological Resource Center, NITE)

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要約独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター:NBRC (NITE Biological Resource Center)は、生物資源センターとして、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など約9万株を収集・保存し、基礎研究から産業利用まで幅広い用途に提供しています。
主な対象データ各種データ
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NBRCオンラインカタログ検索

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要約NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
主な対象データDNA-配列
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NITE-CHRIP

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要約化学物質の番号や名称等から、有害性情報、法規制情報及び国内外の機関による有害性情報、リスク評価情報等を検索することができるシステムです。
主な対象データ化合物 化学物質
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OpenPML

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要約今日の生物科学分野では、遺伝子多様性と表現多型の相関性に関する研究はキーになるテーマです。多くの協力者および研究者の間で共有される必要がある膨大な量のデータを生成する大規模な数の研究を牽引しています。この様なデータを格納し効率的に利用する為に、それは生物医学研究者が互換性を担保し同様の方法でデータを記述する事は最も重要です。JBiCはPaGE-OM(Phenotype and Genotype-Object Model)を開発し、既存のさまざまな表現型や遺伝子をデータベースに適用することによってPaGE-OMを検証し、どのようにして更にデータベースをPaGE-OMで表現できるかをデモしています(出典:オリジナルサイトより)。オリジナルサイト(http://www.openpml.org/)は運用停止しており、NBDCでアーカイブサイトを公開中 ( http://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/openpml/ )。
主な対象データDNA-多型
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PPI view

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要約"PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な5つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307"
主な対象データタンパク質-プロテオーム
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PRTRマップは排出量マップと濃度マップ

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要約"PRTRマップは排出量マップと濃度マップで構成されており、排出量マップは、 国が公表した平成14年度から平成30年度(平成13年度から平成29年度把握)までのPRTR届出データの排出量を、 縮尺に応じて都道府県単位または市区町村単位(自治体単位)または町名単位で色分け表示しています。 濃度マップは、 平成14年度から平成30年度(平成13年度から平成29年度把握)までの日本全国の化学物質の 年間日平均の 大気中推定濃度を、5倍メッシュ(5km×5km)(縮尺1/20万以上では3次メッシュ(1km×1km※))の メッシュごとに濃度に応じて色分け表示しています。 大気中推定濃度は、 国が公表した平成14年度から平成30年度(平成13年度から平成29年度把握)までのPRTR届出データの排出量と PRTR届出外データの 排出量(すそ切り以下事業者、PRTR非対象業種事業者、移動体及び家庭からの排出量)を合計したメッシュごとの排出量データの他、 年間気象データ等を基データとして、独立行政法人産業技術総合研究所で開発されたAIST-ADMERで計算しています。 (平成25年度までの推計はAIST-ADMER Ver,2.6を平成26年度からはAIST-ADMER Ver,3.0を使用) ※ 1km×1kmのメッシュで表示されるのは、平成22年度以降のPRTRデータに基づく推定値です。PRTRマップで公開している排出量(事業所、3次メッシュ、5倍メッシュ)、大気中推定濃度(3次メッシュ、5倍メッシュ)、 AIST-ADMER計算用入力データは、こちらからダウンロードが可能です。 "
主な対象データ排出量データ | 濃度データ
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PoSSuM

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要約タンパク質の類似リガンド結合部位データベース
主な対象データタンパク質-立体構造
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RISCAD

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要約リレーショナル化学災害データベース:当データベースは、事故が多発している煙火原料、組成物の安全情報を整備・公開し、 化学物質の爆発安全にかかわる情報(物性、評価法、過去の事例、予測法など)を網羅的に調べることができるような、百科事典的データベースの作成を目的とし、様々な産業や研究活動における安全性向上に少しでも寄与することを目指して作製しています。
主な対象データ化学災害事例 |化学物質
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RnR

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要約RnRはT87培養細胞における遺伝子転写や蓄積する代謝産物の予測データベースです。このデータベースは214のDNAマイクロアレイと222のGC-MS、202のUPLC-MSアッセイをベースにしています。(オリジナルサイトから)
主な対象データ代謝産物
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TOT-DB

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要約TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。
主な対象データ比較ゲノム
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ToxBay

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要約毒性知識情報データベースと代謝知識情報データベースのデータを利用し、ベイジアンネットによる反復投与毒性の推定を行うシステムです。
主な対象データ化合物 毒性情報
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TraP

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要約7種の古細菌の解糖系などの代謝経路を比較したデータベースです。
主な対象データ代謝産物
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toxBridge

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要約toxBridgeは肝毒性in vivo/vitroブリッジングに着眼したデータベースである。公開データベースOpen TG-GATEsに登録されている約170の化合物によるラットin vivo(肝臓)/vitro(肝細胞)及びヒトin vitro(肝細胞)の遺伝子発現データの大規模数理解析を行った。本研究では、肝毒性を予測するためのマーカー群としてのパネル構築を目的として、化合物種、暴露期間、暴露量ごとに遺伝子刻印およびそのパスウェイを推定し、また4種の肝毒性に関する生理的指標についても整理を行い、体系的にデータベース(toxBridge)に収納した。toxBridgeの特徴としては、in vivo - in vitroやin vitroヒト-ラット間のブリッジングに着眼し、発現プロファイルのブリッジ間における様々な相関指標をデータベースに格納しており、各種相関指標による化合物検索や遺伝子・パスウェイを検索する機能を有している点である。この機能により、相関指標を用いてどの化合物がブリッジングとして有意であるか、また相関指標が優位である化合物を選択することでブリッジングにおける分子群を選択し可視化可能としている。加えて既存情報であるFDAが公開しているDILI (Drug Induced Liver Injury)Rankを用い化合物を選択し、相関指標を用いることで肝毒性におけるマーカー群となりうる分子パネルの選定を可能としている。
主な対象データラット|人|in vivo | in vitro
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コントラスト感度

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、片眼での明所視・薄明視及び提示時間の条件毎にコントラスト感度を表示する事が出来るデータベースです。
主な対象データ視覚データ
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スペクトルデータベース

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要約"インターネットを通じて、30,000以上の有機化合物のNMR、IR、MS、ESR、Ramanスペクトル画像を無料で公開するデータベースです。スペクトルは、全てオリジナルのデータが収録されています。"
主な対象データ有機化合物のスペクトルデータ
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テレビの聴取音量

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、さまざまなテレビ番組を聴取する際の、「聞きやすい」と感じられる音量の平均値を、若齢者・高齢者別にグラフ化して表示するデータベースです。
主な対象データ聴覚データ
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ラットの脳断面図

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要約ラットの脳断面の画像データを7枚見ることができるデータベース。画像は超精細画像であり、拡大表示するとニューロンが見える。産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFUの協力により作成された。(オリジナルサイトから)
主な対象データ形態 画像
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人体特性文献データベース

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、人体機械的特性に関する既出文献等をとりまとめ、見やすいかたちに整理されたデータベースです。第1弾として、人体寸法特性、関節特性、慣性特性について整理されたデータベースが公開されています。
主な対象データ文献情報
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介護の構造化マニュアル

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要約介護の構造化マニュアルとは達成したい目的に向けて必要な行為とその関係を整理し、線や四角などの図形を用いて表現した業務手順書である。
主な対象データ介護の構造
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低周波音に対する閾値

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、低周波音に対する聴覚閾値を、若齢者・高齢者別にグラフ化して表示するデータベースです。
主な対象データ聴覚データ
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健常人マイクロバイオームデータベース

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要約人間の体内には、1000種類以上、100兆個以上の細菌などの様々な微生物が存在し、その集団は「マイクロバイオータ(微生物叢)」と呼ばれています。その基盤となる健常人マイクロバイオームデータベース構築やマイクロバイオーム研究の普及・促進をおこなっていきます。
主な対象データ不明
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分散型熱物性データベース

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要約"これまで多くの物質・材料データベースが開発されてきましたが、これらのデータベースはいわゆる「集中型」であり、センター的役割を果たす一機関(データセンタ)に全てのデータを集め、データ入力・管理・供給の全ての処理を行うことが一般的でした。 (国)産業技術総合研究所 物質計測標準研究部門 熱物性標準研究グループ(以下産総研) では独立し分散した熱物性データベースを統合した形でネットワークからアクセスする「分散型熱物性データベースシステム」の概念を提示し、物質・材料の熱伝導率、熱拡散率、比熱容量、熱膨張率、放射率などの熱物性値を収録する熱物性データベースの開発を進めています。2011年度末現在、固体材料、高温融体、流体に関して合計約10,700件の熱物性データを収録し、無償で公開しています。"
主な対象データ熱物性データ
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創薬支援インフォマティクスシステム構築プロジェクト (毒性関連ポータルサイト)

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要約創薬支援インフォマティクスシステム構築事業は、オールジャパンでの医薬品創出を支援するために、2015年から5年間で行われた事業です。本事業ではアカデミア創薬におけるボトルネックとなっている薬物動態の改善や毒性の回避のための基盤強化を目的として、薬物動態、心毒性、肝毒性のインシリコ予測システムの構築と、それらの基となるデータベースやAI技術基盤を構築しました。これらの in silico 予測システムは、創薬の初期段階における化合物の優先順位付けや合成の最適化に用いられることが期待されます。
主な対象データメタデータ
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化学物質の有害性評価書

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要約本ページでは製品評価技術基盤機構 (NITE)で公開されている「化学物質有害性評価書」の要点のみを簡潔にまとめた「CERI有害性評価書」を公開しています。原版の簡素化によりすばやくその有害性を俯瞰し、化学物質のリスクを判断するおおよその手がかりを提供します。評価書は化学物質ごとに作成され、水生生物への影響やヒト健康への影響に関する報告が含まれます。CAS番号やPRTR番号、評価物質名称の分類から目的の化学物質の報告書を探すことができます。
主な対象データ化合物
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化審法データベース

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要約J-CHECKは、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」にかかわる厚生労働省、経済産業省及び環境省が、化学物質の安全性情報の発信基盤の充実・強化を目指して化学物質の安全性情報を広く国民に発信するため作成するものです。化審法対象物質リストの他、公示物質や既存化学物質、届出不要物質のリスト、国が保有する化学物質の有害性情報等を収録しています。CAS番号、化学物質名称、法規制分類などによる検索が可能です。
主な対象データ化合物
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単語の正聴率

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、日本人が、日本語の親密度の高い(よく使うなじみのある)単語を聞いたときに正確に聞き取れる割合を、グラフ化して表示するデータベースです。グラフは、騒音と音声の音圧レベル差をパラメータとして表示されます。
主な対象データ聴覚データ
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可読文字サイズ

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、各種条件から可読文字サイズを推定する事が出来るデータベースです。白背景・黒文字の条件下で、年齢、視距離、輝度、文字種に応じて一文字を読むための最小可読文字サイズを推測することができます。
主な対象データ視覚データ
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固体NMRスペクトルデータベース

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要約固体NMRスペクトルデータベース(SSNMR_SD)は、主に固体試料の NMR スペクトルを収 録したデータベースです。本データベースには標準的だと考えられる試料のNMR スペクトルデータを格納してます。この標準試料の公開データを利用することで、測定の際の標準的な試料や測定パラメータの選択などに活用できます。
主な対象データ化合物 化学物質
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基本色領域に基づく色の組合わせ

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、年代・環境の明るさ・調べたい色の各条件を入力して、基本色領域に基づく色の組み合わせを出力するデータベースです。
主な対象データ視覚データ
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報知音の音圧レベル

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、妨害音中において聞き取りやすい報知音の音圧レベルの範囲を示すデータベースです。音圧レベルの範囲には、加齢による聴力低下の影響が考慮されており、その範囲に照らして、指定した報知音が妨害音中において聞き取りやすい音圧レベルであるかどうかを判定します。
主な対象データ聴覚データ
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大腸菌マルチオミクス データベース

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要約高度に複雑化した自然界の生命科学を理解するには、包括的な知識として細胞内側の分子コンポーネントに関する定量的情報が必要です。日本の鶴岡市にある慶應義塾大学先端生命科学研究所においては、モデル生物の大腸菌のオミックスデータを集約するための共創的で壮大なチャレンジに尽力しています。(出典:オリジナルサイトより)
主な対象データ遺伝子発現 、タンパク質、代謝物質
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天然物ライブラリー

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要約微生物が産出する天然化合物は、豊富な生物活性と多様な構造を保有しており、新規医薬品候補化合物として大きな魅力があり、また、天然物化学は日本独自の優れた技術であると言えます。各製薬企業等が協力して天然物による創薬研究を推進するため、優れた天然物ライブラリーを保有する企業が集まって2011年に次世代天然物化学技術研究組合を設立しました。各社が独自に開発した天然物ライブラリーを組合にて統一的に保管・管理し、他の組合員企業及びアカデミアによる相互利用を推進します。この天然物ライブラリー相互利用により、各社が保有するライブラリーの最大限の活用が図られ、ライブラリー提供者および利用者の両方にメリットが生ずるとともに、これにより、多くの医薬品候補化合物が見出され、我が国の天然物創薬の発展に寄与することが期待されます。
主な対象データ天然化学物質
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年代別輝度コントラスト

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、年代別に最適な輝度コントラストをグラフ化して表示する事が出来るデータベースです。
主な対象データ視覚データ
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年齢別聴覚閾値分布(ISO 7029準拠)

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、年齢別聴覚閾値を公開しているデータベースです。ISO/CD 7029に記載された聴覚閾値の分布値を、年齢別・男女別にグラフ化して表示します。 日本人だけのデータを検索する場合は、年齢別聴覚閾値分布(日本人データ)を参照してください。
主な対象データ聴覚データ
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年齢別聴覚閾値分布(日本人データ)

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、日本人の年齢別聴覚閾値を公開しているデータベースです。聴力分布値を年齢別・男女別にグラフ化して表示します。ISO規格に準拠した国際データについては、年齢別聴覚閾値分布(ISO 7029準拠)を参照してください。
主な対象データ聴覚データ
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微生物データベースシステム

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要約微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。
主な対象データ文献 旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど
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微生物有害情報データベース

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要約微生物有害情報データベース(Microbial Risk Information Database: M-RINDA)は、NBRCが提供する微生物(細菌・真菌)に関する有害性情報の総合サイトです。
主な対象データ微生物の危険度/有害性の情報 | DNA-配列
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微生物有害情報リスト

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要約微生物(細菌、真菌)の危険度/有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。各微生物のバイオセーフティーレベル(BSL)分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名(旧名、異名を含む)から検索することが可能です。Web版の他に、ダウンロード可能なExcel版が搭載されています。
主な対象データ微生物の危険度/有害性の情報
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微細藻類遺伝子工学データベース

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要約"微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報が集められているデータベース。それらの情報とは以下の6種類に分類されます。1. ホストーベクター系 (ベクターの構造, プロモーター, 研究機関、文献)2. 遺伝子導入法 (生物種, 方法, 文献)3. 有用物質の生産 (プロダクト, ホスト, 導入遺伝子, 文献)4. インヒビター耐性変異株 (生物種, インヒビター, 変異遺伝子, 文献)5. 合成トランスポゾン系6. 選択マーカー(オリジナルサイトより)"
主な対象データDNA-制御領域
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手の寸法データベース

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、2004年?2011年に日本人男女530名について計測された、72項目の手の寸法の男女別統計量を公開するデータベースです。計測項目毎に、データをダウンロードする事が出来ます。
主な対象データ手のデータ
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政府によるGHS分類結果

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要約各年度の「物質リスト」では、注意書き及びHコード、Pコードを追加した個別分類結果(Excel、HTML)をご覧いただけます。
主な対象データ物質リスト
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文章の文字間・行間余白設計

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、文書における最適な文字間及び行間の余白を計算する事が出来るデータベースです。利用条件(利用者の年齢・視距離)と文章書式の条件(フォント・文字サイズ)を設定することで、読みやすい最適な書式(文字間隔と行間隔)を推定できます。
主な対象データ視覚データ
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日本人頭部寸法データベース2001

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要約AIST人体寸法・形状データベースの一つで、2001年11?12月に計測された日本人青年男女約120名と、2002年1月?3月に計測された60歳以上の日本人約200名の頭部寸法を公開するデータベースです。日本人の頭部に適合する工業製品の設計に利用するためのデータ取得を目的として、データを無償で公開しています。データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。
主な対象データ頭部のデータ
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日本古生物標本横断データベース

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要約古生物標本を所蔵する国内の大学・博物館・資料館等の標本データベースの情報
主な対象データ古生物標本
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最小可読文字サイズ・コントラスト

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、各種条件から最小可読文字サイズを推定することができるデータベースです。利用条件(利用者の年齢・視距離)と表示デザイン条件(フォント・文字種・文字の相対輝度コントラスト)から、一文字を読むために最低限必要なサイズを推定できます。また、表示デザインの文字サイズを指定することで、一文字を読むために最低限必要な相対輝度コントラストを推定できます。
主な対象データ視覚データ
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核酸医薬品データベース

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要約バイオ医薬品として知られる核酸医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験(フェーズ I)から第III相試験(フェーズ III)の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。
主な対象データ核酸医薬品
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正常臓器 遺伝子発現データベース

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要約RefExAはヒト正常組織、正常細胞、癌細胞株の網羅的な遺伝子発現データベースです。
主な対象データ病気-ガン 遺伝子発現
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環境微生物データベースプロジェクト

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要約都市下水処理プロセスを対象とした環境微生物データベースプロジェクトを推進するためには、各自治体との連携が必要不可欠です。我々は、9つの自治体が管理する16箇所の都市下水処理場と連携体制を構築し、活性汚泥タンクや消化タンクから月に1回程度の頻度で汚泥試料を採取しています。定期的に汚泥試料を採取し、汚泥を構成する微生物の多様性や、それらの微生物が処理の現場で発現している遺伝子の種類をモニタリングすることで、都市下水処理施設で突発的に起こる各種トラブルの原因究明に役立てたいと考えています。さらに、気候の多様性に富んだ我が国の特徴を最大限に活かし、北は北海道、南は沖縄県までの様々な地域で稼働する都市下水処理施設を解析の対象とすることで、様々な局面に対応することができる新規廃水処理プロセスの創成や、既存プロセスの改良に向けた技術開発へのフィードバックが期待されます。
主な対象データ不明
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糸状菌ゲノム・転写制御データベース

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要約糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。
主な対象データDNA-配列
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脳画像データベース

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要約ニホンザルの脳のMRI(磁気共鳴映像法)連続画像と、高次機能を調べるうえで重要な脳皮質全体を含む組織標本の連続切片画像のデータベース。実験上また文献を読むときなどの資料として有効かつ簡便に活用しやすいように、画像がデジタル化され、マウスの操作のみで簡便に参照できるデータベースである。(オリジナルサイトより)
主な対象データ形態 、MRI画像
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視標検出視野(視標の検出率)

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、輝度対比・視標の大きさ・色の影響を考慮した視標検出視野を表示する事が出来るデータベースです。
主な対象データ視覚データ
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視標検出視野(視野範囲)

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、背景と指標の輝度対比の影響・指標の色の影響・指標の大きさの影響・環境の明るさの影響を考慮した視野範囲wo表示する事が出来るデータベースです。
主な対象データ視覚データ
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触覚記号・文字の判読率

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、触覚記号及び文字の判読率を、対象者別にグラフ化して表示するデータベースです。
主な対象データ触覚データ
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音の大きさの等感曲線

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、音の大きさの等感曲線(等ラウドネスレベル曲線)を、若齢者及び高齢者についてグラフ化して表示するデータベースです。使用する際、最初に使用目的を聞かれますので、選択肢から該当するものを選んでください。
主な対象データ聴覚データ
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音声アナウンスの聴取音量

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要約高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、騒音下で聴取する際に「聞きやすい」大きさに感じられる音声アナウンスの音圧レベルを、若齢者・高齢者別にグラフ化して表示するデータベースです。
主な対象データ聴覚データ
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高エネルギー化学物質 物性ファクトデータベース

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要約化学物質に関わる爆発事故は世界中あらゆる処で繰り返し起こっています。 当データベースは、事故が多発している煙火原料、組成物の安全情報を整備・公開し、化学物質の爆発安全にかかわる情報(国連番号、物性、評価法、過去の事例、予測法など)を網羅的に調べることができるような、百科事典的データベースの作成を目的とし、様々な産業や研究活動における安全性向上に少しでも寄与することを目指しています。
主な対象データ実験値
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高エネルギー物質 結晶構造データベース

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要約火薬や爆薬などの高エネルギー物質について、物性的知見を考察するための元になる結晶構造情報を提供することを目的としております。また、爆発現象の解明には爆発に至る反応過程や構造変化を調べることが重要ですが、実験的には困難です。 そこで、このデータベースでは計算機シミュレーションで高温高圧下での結晶構造を予測した結果も掲載しております。
主な対象データ結晶構造
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高齢者行動ライブラリ

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要約高齢者行動ライブラリは、経済産業省 平成29年度商取引適正化・製品安全に係る事業(ビンテージソサエティの実現に向けた高齢者等の行動データ取得事業)によって整備された高齢者の行動に関するライブラリです。本事業では、「人生100 年」の超高齢社会の到来が迫る中、高齢者が長く健康に働き、生活できる経済社会環境の実現のため、既存の経済社会システム、制度から個人の生活レベルで利用するサービス・製品に至るまで、社会の各界・各層で新たな時代への対応(ビンテージ・シフト)を進めていくことを目指し、そのために高齢者にとって安全性の高い製品開発等を産み出すために必要なデータ取得・分析を行ってきました。高齢者行動ライブラリは、介護施設に入居される高齢者や一般家庭で生活されている高齢者を対象に、行動データ(映像データ及び姿勢データ)を収集し、身体・認知機能、行動種別、行動に関わった製品などの情報と関連づけれライブラリにしたものです。身体・認知機能、行動種別、行動に関わった製品などを条件として、行動データを検索可能です。高齢者の行動特性や製品の使い方などを把握して頂くことで、安全性の高い製品開発や高齢者の生活を支援する製品の開発に活用して頂くことを目指しています。
主な対象データ動画
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