成果物名 CoP
成果物の別名 植物遺伝子発現相関データベース
成果物に関する説明

CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ(5257、3654、1388アッセイ)と、ポプラ(95アッセイ)のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。(出典:オリジナルサイトから)

成果物のタイプ DB
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cop/
インターフェイス GUI
入力例

Input query wordテキストボックスに”At5g61420”を入力して、画面下段のSubmitを押す

キーワード
共発現 | 生物学的プロセス | マイクロアレイ | Confeito | Populus trichocarpa (ポプラ)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース TAIR | GO
主な対象データ 遺伝子発現
生物種
"Arabidopsis thaliana | Glycine max | Hordeum vulgare | ... More
  • Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ]
  • Glycine max [Taxonomy_id: 3847, ダイズ]
  • Hordeum vulgare [Taxonomy_id: 4513, オオムギ]
  • Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ]
  • Populus trichocarpa [Taxonomy_id: 3694, コットンウッド]
  • Triticum aestivum [Taxonomy_id: 4565, コムギ]
  • Vitis vinifera [Taxonomy_id: 29760, ブドウ]
  • Zea mays [Taxonomy_id: 4577, トウモロコシ]
"
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 1
最終更新日(調査日) 2009/11/11 (2010/03/08)
利用できるID
AGI Code | Probe ID | Organism | GO ID
IDを使った成果物の利用方法 http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cgi-bin/athpmk.cgi?proc=GO:0010439
外部リンク

NCBI | TAIR | KEGG | BAR | ATTED

論文等(PubMed ID)

調査中