成果物名 | CoP |
成果物の別名 | 植物遺伝子発現相関データベース |
成果物に関する説明 | CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ(5257、3654、1388アッセイ)と、ポプラ(95アッセイ)のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。(出典:オリジナルサイトから) |
成果物のタイプ | DB |
運用機関 | かずさDNA研究所 |
機関所在国 | 日本 |
サイトURL | http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cop/ |
インターフェイス | GUI |
入力例 | Input query wordテキストボックスに”At5g61420”を入力して、画面下段のSubmitを押す |
キーワード | 共発現 | 生物学的プロセス | マイクロアレイ | Confeito | Populus trichocarpa (ポプラ) |
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 | 0|なし |
使っている外部リソース | TAIR | GO |
主な対象データ | 遺伝子発現 |
生物種 | Arabidopsis thaliana | Glycine max | Hordeum vulgare | Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ] | Glycine max [Taxonomy_id: 3847, ダイズ] | Hordeum vulgare [Taxonomy_id: 4513, オオムギ] | Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ] | Populus trichocarpa [Taxonomy_id: 3694, コットンウッド] | Triticum aestivum [Taxonomy_id: 4565, コムギ] | Vitis vinifera [Taxonomy_id: 29760, ブドウ] | Zea mays [Taxonomy_id: 4577, トウモロコシ] |
利用条件 | なし |
データ更新頻度 (過去2年間) | 1 |
最終更新日(調査日) | 2010/01/17 (2019/07/03) |
利用できるID | AGI Code | Probe ID | Organism | GO ID |
IDを使った成果物の利用方法 | http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cgi-bin/athpmk.cgi?proc=GO:0010439 |
外部リンク | NCBI | TAIR | KEGG | BAR | ATTED |
論文等(PubMed ID) | なし |
稼働状況 | 稼働中 |