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ツール便覧

その他 ( 37件 )
ADMER2
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要約 | ADMER*とは、独立行政法人 産業技術総合研究所(AIST)が開発した化学物質の大気環境濃度推定及び曝露評価を行なうモデルと一連のシステムであり、以下の機能を備えています。* 気象データの作成・確認* 化学物質排出量データの作成・確認* 化学物質大気中濃度及び沈着量の計算 * 曝露人口の推計* 計算結果図化* 計算結果ヒストグラム表示* 正式名称:産総研?曝露・リスク評価大気拡散モデル (AIST-ADMER)、 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology - Atmospheric Dispersion Model for Exposure and Risk Assessment |
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主な対象データ | 化合物 対象年のアメダスデータ(CD-ROM)、または、Version 2.5からは対象年のADMER専用アメダスデータ・・・気象データ作成に利用 * 対象化学物質の排出量に関するデータ(点源排出量、県別・市町村別排出量等) ・・・グリッド排出量データ作成に利用 |
ADMER3
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要約 | ADMER3は、国立研究開発法人 産業技術総合研究所(AIST)が開発した化学物質の大気環境濃度推定及び曝露評価を行なうモデルと一連のシステムです。 |
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主な対象データ | 排出量と簡単な物性を入力データとして用意すれば、化学物質の大気中濃度と地表への沈着量の分布を、詳細な空間解像度(5kmから100m四方格子)で推定。 |
AIST-ICET
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要約 | ICETとは、国立研究開発法人 産業技術総合研究所(AIST)が開発した、室内製品に含まれる化学物質の人への吸入、経皮および経口暴露を評価するためのツールです。 |
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主な対象データ | 化学物質 |
AIST-MeRAM
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要約 | 化審法の法体系に対応可能な実務的な生態リスク評価管理ツール:AIST-MeRAMは、 複数のリスク評価手法と評価に必要な有害性データや物性値等を搭載したツールで、化審法の法体系に準拠した評価システムも搭載しています。ユーザは物質、有害性評価や暴露評価といった評価手法や条件、評価用データ を選択・入力するだけで、評価結果をレポートとして出力できます。 |
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主な対象データ | 化学物質 |
AIST-SHANEL
AIST‐CBAM
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要約 | 有害化学物質生物蓄積モデル :有害化学物質生物蓄積モデルとは、海域での食物連鎖を考慮し生物(魚類)に蓄積される化学物質濃度を推定することができるモデルです。 |
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主な対象データ | 化学物質 |
BioDBScan
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要約 | 「新着データお知らせツールBioDBScan」は、利用者が興味を持っている遺伝子、タンパク質、パスウェイ、疾患、化合物、薬剤などについて、NCBI、Ensembl、DrugBankなどの世界の主要なデータベースで新たにリリースされたデータの情報をお知らせするツールです。「リンク自動管理システム」の全データベース検索によって前週月曜日以降に新たにリンクされたデータが検出されると、その情報が毎週月曜日に電子メールで配信されます。BioDBScanは、新規関連文献お知らせツールPubMedScanの新機能として、平成23年度「経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト」で開発されました。産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターにて運営されています。 |
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主な対象データ | 遺伝子、パスウェイ、疾患など |
CADLIVE
Dr DMASS
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要約 | Dr DMASSはマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており(i)ピーク補正、(ⅱ)多変量データの処理、および(iii)多変量解析の3つのステップから構成されています。ピーク補正過程では、internal mass calibrants(IMCs)による実験的な値と期待値間の関係に基づいた実験的なm/z値を選び出します。このソフトウェアとイントロダクションマニュアルはこのサイトで自由に利用可能です。このソフトウェアを使うためにはユーザーのコンピュータにJavaのJ2SDK 1.4.2がインストールされている必要があります。(出典:オリジナルサイトより) |
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主な対象データ | マススペクトル |
Dr DMASS+
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要約 | Dr DMASS+はマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており(i)ピーク補正、(ii)多変量データの処理、および(iii)教師なし学習 (iv)教師あり学習の4つのステップから構成されています(出典:オリジナルサイトより)。Dr DMASS( https://medals.jp/list/detail/116.html )に(iii)(iv)を加えた後継のツールです。 |
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主な対象データ | マススペクトル |
FragmentAlign
GRIFFIN
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要約 | 入力されたGPCR配列と選択的に結合するGプロテインを予測するハイスループットシステムです。 |
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主な対象データ | タンパク質-配列 、アミノ酸配列 |
GRisk
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要約 | GRISKは、小家系データに基づきメンデル性遺伝疾患の遺伝的リスクを算出する、Windows用のソフトウェアです。家系に関する情報を登録する家系データ登録画面と、疾患に関する情報を登録しリスクを算出する疾患情報画面から構成されます。登録された家系データと疾患情報を組み合わせることによって、家系構成員に対する遺伝的リスクを算出することが出来ます。 |
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主な対象データ | 疾患リスク |
HEAT
HapRisk
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要約 | HapRiskは、質的表現型とハプロタイプの同時推定アルゴリズムを用いて、表現型が不明で遺伝子型データが得られている個体について、当該表現型の発現確率を算出するWindows上で稼動するソフトウェアです。本ソフトウェアは、検体から得られた遺伝子型データに基づき、臨床や検査現場で、個体の発症リスクを算出することを目的としています。 |
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主な対象データ | 発現リスク |
ID一括変換システム
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要約 | "ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。" |
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主な対象データ | データ識別子(ID) |
ID識別システム
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要約 | ID識別システム(ID Resolver)は、IDの種類がわからないときにそのIDの種類を識別して、リンク先を示すツールです。複数のデータIDを一度に入力できます。 |
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主な対象データ | ID識別子 |
KAGIANA
KaPPA-View
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要約 | "KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典:CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/)2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。(出典:オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html )" |
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主な対象データ | 代謝産物 遺伝子発現 |
KaPPA-View4 KEGG
LAMP
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要約 | 多重仮説検定を行うプログラム。転写因子と遺伝子の関係を多数与えると統計的優位な関係をリストアップする。ボンフェローニ補正と同等なファミリーワイズエラー率の補正を与え、ボンフェローに補正よりいくつかの利点がある。 |
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主な対象データ | 多重検定による統計的有意性 |
PMID-Extractor
PowerFT
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要約 | クロマトグラフィー-精密質量分析より得られたデータから、化合物ピークを抽出し、アノテーションをするツール(出典:オリジナルサイトより)です。PowerFT単体での配布は終了しました。PowerFTは、ピークのアラインメントツールPowerMatchと統合し、PowerGetとしてリリースされています。 |
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主な対象データ | マススペクトルデータ |
PubMedScan
SAMURAI
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要約 | 広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。移転のため休止。 (2012/11/05 確認) |
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主な対象データ | 遺伝子発現 |
SGCAL
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要約 | SGCALは糖鎖のグリコシド結合断片化反応に着眼し、アノマー異性体、分岐およびイオン付加位置の解析を行い、実験によりMSで得られた質量スペクトルと計算結果を統合し、スペクトルを高速に同定するため網羅的な解析システムです。 |
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主な対象データ | 糖鎖 |
SMARTS 3D
SNP-system
SokanProject
SpiceHIT
THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX -
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要約 | マイクロアレイ解析システム、TRBAXは主にスポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)により得られたデータをもとに、遺伝子の発現プロフィイルと分子生物学的機能、さらにはDNA 塩基配列とを効率的に対応づけることを可能としたデータ解析システムです。さらに、TREBAXはデータのフォーマットを合わせれば、スポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)以外のデータにも適用可能です。(http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/manual/Jmanual.pdf より引用) |
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主な対象データ | 遺伝子発現 マイクロアレイデータ |
Workflow
toxRank
リンク自動管理システム
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要約 | "リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。" |
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主な対象データ | データ識別子(ID) |
更新検知ツール
[ 公式 サイト ]
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要約 | 予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。 |
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主な対象データ | Webページ |
爆風の過圧・インパルス計算
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要約 | 『爆発チャンバー内における爆風圧計測実験』火薬学会誌 Vol.61 No.3(2000年)に掲載されている計算式を利用し、薬量と距離から爆風のピーク過圧、換算インパルスを計算するツールです。 |
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主な対象データ | 薬量、距離 |