MEDALS ツール便覧その他

ADMER2

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ADMERとは、独立行政法人産業技術総合研究所(AIST)が開発した化学物質の大気環境濃度推定及び曝露評価を行なうモデルと一連のシステムであり、以下の機能を備えています。気象データの作成・確認* 化学物質排出量データの作成・確認* 化学物質大気中濃度及び沈着量の計算 * 曝露人口の推計* 計算結果図化* 計算結果ヒストグラム表示* 正式名称：産総研−曝露・リスク評価大気拡散モデル (AIST-ADMER)、 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology - Atmospheric Dispersion Model for Exposure and Risk Assessment
	主な対象データ	化合物対象年のアメダスデータ（CD-ROM）、または、Version 2.5からは対象年のADMER専用アメダスデータ・・・気象データ作成に利用 * 対象化学物質の排出量に関するデータ(点源排出量、県別・市町村別排出量等) ・・・グリッド排出量データ作成に利用

BioDBScan

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	「新着データお知らせツールBioDBScan」は、利用者が興味を持っている遺伝子、タンパク質、パスウェイ、疾患、化合物、薬剤などについて、NCBI、Ensembl、DrugBankなどの世界の主要なデータベースで新たにリリースされたデータの情報をお知らせするツールです。「リンク自動管理システム」の全データベース検索によって前週月曜日以降に新たにリンクされたデータが検出されると、その情報が毎週月曜日に電子メールで配信されます。BioDBScanは、新規関連文献お知らせツールPubMedScanの新機能として、平成23年度「経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト」で開発されました。産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターにて運営されています。
	主な対象データ	遺伝子、パスウェイ、疾患など

CADLIVE

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	CADLIVE とは、生命ネットワーク（代謝、遺伝子発現ネットワーク）解明のために、GUIを用いてネットワークを構築し、シミュレータと連携可能な形式でデータベースに保存することができるシステムです。複雑な分子間相互作用をもつ生命ネットワークを化学反応式によって記述することができます。本システムはGUIネットワークコンストラクター、仮想ノックアウト変異に対するパスウェイ検索プログラム、グリッドレイアウトプログラム、代謝制御ツールから構成されています。ネットワークコンストラクターは大規模代謝ネットワークマップを作成できます。仮想ノックアウト変異様のパスウェイサーチプログラムは２生物間の全ての可能性を探索するため、ノックアウト変異に対しては応用できます。グリッドレイアウトプログラムは生化学ネットワークマップを２次元グリッド上に自動投射します。ダイナミックシミュレーターは、生化学ネットワークマップを動的モデルに変換し、それらダイナミクスをシミュレートします。代謝制御ツールは要素モードをベースとしたアルゴリズムで開発されました。本システム開発の一部はNEDOプロジェクトからの財政的サポートで実施されました。(オリジナルサイトから)
	主な対象データ	代謝産物

Dr DMASS

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Dr DMASSはマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ⅱ）多変量データの処理、および（iii）多変量解析の３つのステップから構成されています。ピーク補正過程では、internal mass calibrants（IMCs）による実験的な値と期待値間の関係に基づいた実験的なm/z値を選び出します。このソフトウェアとイントロダクションマニュアルはこのサイトで自由に利用可能です。このソフトウェアを使うためにはユーザーのコンピュータにJavaのJ2SDK 1.4.2がインストールされている必要があります。（出典：オリジナルサイトより）
	主な対象データ	マススペクトル

Dr DMASS+

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Dr DMASS+はマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ii）多変量データの処理、および（iii）教師なし学習　(iv)教師あり学習の４つのステップから構成されています（出典：オリジナルサイトより）。Dr DMASS( https://medals.jp/list/detail/116.html )に（iii）（iv）を加えた後継のツールです。
	主な対象データ	マススペクトル

FragmentAlign

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	GC-MS分析による検出ピークを、溶出時間およびピークのMSフラグメントパターンの類似性を用いてアラインメントし、その結果をGUIで編集できるJavaソフトウェア。数十件のNIST形式およびMassBaseのMSTフォーマットのデータファイルを読み込んでアライメント処理することができる。編集機能としてはピークグループへのピークの追加と削除、ピークグループの追加と削除、ピークやピークグループのマージ、などが可能である。MSフラグメントのデータライブラリーに対して検索することで、ピークの化合物名の同定や推定（アノテーション）を行うことができる。データライブラリーはユーザが個別に追加、編集することができる。処理結果はタブテキスト形式で出力され、Excel等で開いて比較および統計的解析処理を行うことができる。旧バージョン（Metabolometrisc）もダウンロード可能である。
	主な対象データ	代謝産物、マススペクトル

GRIFFIN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	入力されたGPCR配列と選択的に結合するGプロテインを予測するハイスループットシステムです。
	主な対象データ	タンパク質-配列、アミノ酸配列

GRisk

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	GRISKは、小家系データに基づきメンデル性遺伝疾患の遺伝的リスクを算出する、Windows用のソフトウェアです。家系に関する情報を登録する家系データ登録画面と、疾患に関する情報を登録しリスクを算出する疾患情報画面から構成されます。登録された家系データと疾患情報を組み合わせることによって、家系構成員に対する遺伝的リスクを算出することが出来ます。
	主な対象データ	疾患リスク

HEAT

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
	主な対象データ	アノテーション

HapRisk

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	HapRiskは、質的表現型とハプロタイプの同時推定アルゴリズムを用いて、表現型が不明で遺伝子型データが得られている個体について、当該表現型の発現確率を算出するWindows上で稼動するソフトウェアです。本ソフトウェアは、検体から得られた遺伝子型データに基づき、臨床や検査現場で、個体の発症リスクを算出することを目的としています。
	主な対象データ	発現リスク

ID一括変換システム

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	"ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。"
	主な対象データ	データ識別子（ID）

ID識別システム

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ID識別システム（ID Resolver）は、IDの種類がわからないときにそのIDの種類を識別して、リンク先を示すツールです。複数のデータIDを一度に入力できます。
	主な対象データ	ID識別子

KAGIANA

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	開発したKAGIANAは、ユーザーが選択したデータベースから得たサマリー情報を収集できたり、それら興味のあるデータベースにある遺伝子のページへアクセスできたりします。KAGIANAはMirosoft社のExcelをベースとしており、遺伝子発現解析の為の様々なマクロプログラムを提供しています。植物学のオミックス情報を利用する植物研究者の役に立つでしょう。KAGIANAは以下から無料で利用する事ができますhttp://pmnedo.kazusa.or.jp/kagiana/（オリジナルサイトから）。
	主な対象データ	遺伝子発現

KaPPA-View

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	"KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典：CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/)2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。（出典：オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html ）"
	主な対象データ	代謝産物　遺伝子発現

KaPPA-View4 KEGG

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	"KaPPA-View4は,代謝制御を深く理解したり、公共で利用できる各オミクスデータから仮説を立てる事に焦点を当てた代謝経路データベースです。KaPPA-View4 KEGGはKaPPA-View4バージョンの一つであり、KEGGの経路マップデータを格納している。また、このデータには動物、植物、微生物の情報が含まれている。KEGG BRITEの「Genes and Proteins」から生成した遺伝子ファミリーマップも利用できます。（出典：オリジナルサイトより）"
	主な対象データ	代謝産物パスウェイ

LAMP

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	多重仮説検定を行うプログラム。転写因子と遺伝子の関係を多数与えると統計的優位な関係をリストアップする。ボンフェローニ補正と同等なファミリーワイズエラー率の補正を与え、ボンフェローに補正よりいくつかの利点がある。
	主な対象データ	多重検定による統計的有意性

PMID-Extractor

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	"ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。"
	主な対象データ	文献

PowerFT

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	クロマトグラフィー-精密質量分析より得られたデータから、化合物ピークを抽出し、アノテーションをするツール（出典：オリジナルサイトより）です。PowerFT単体での配布は終了しました。PowerFTは、ピークのアラインメントツールPowerMatchと統合し、PowerGetとしてリリースされています。
	主な対象データ	マススペクトルデータ

PubMedScan

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	新規関連文献お知らせツールPubMedScanは、NCBI PubMedの医学生物学の学術文献中から、興味のあるトピックスで新規にPubMedに登録された文献を定期的に(毎日)メールでお知らせするツールです。特徴は、１）サーチ条件は通常のキーワード入力ではなく、手持ちの文献（PubMed ID）リストで行います。２）新規文献から関連するものを定期的にメールでレポートします。３）文献関連指標には、PubMed が提供するRelated Articleの機能を利用しています。４）Web版（ver. 2.0）と、Linuxにインストールするローカル版（ver 1.1）があります。ローカル版では、UNIX(Linux/Macintosh)上での PHP、 MySQL、Apache、および各種Perlモジュールが必要です。キーワード検索では漏れてしまう文献や、頻繁に見ないジャーナルの文献を拾えるので、調査漏れを防ぐのに非常に有効です。PubMedScanの条件入力を助けるため、手持ちの複数の論文（PDFファイル）から、簡単にそれらのPubMed IDリストを得るソフト(PMID-Extractor)を提供しています。
	主な対象データ	PubMedに登録されている文献

SAMURAI

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。移転のため休止。 (2012/11/05 確認)
	主な対象データ	遺伝子発現

SGCAL

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	SGCALは糖鎖のグリコシド結合断片化反応に着眼し、アノマー異性体、分岐およびイオン付加位置の解析を行い、実験によりMSで得られた質量スペクトルと計算結果を統合し、スペクトルを高速に同定するため網羅的な解析システムです。
	主な対象データ	糖鎖

SNP-system

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	これまでに「遺伝子多様性モデル解析事業」において開発された、遺伝子型と表現型との関連を検定するアルゴリズムを中心としたソフトウェア「QTLhaplo」や遺伝統計に基づく解析ソフトウェアを集め、共通のインターフェイスで統合したSNP-systemの開発を行い、公開しました。Webサイト( http://www.h-invitational.jp/snps/ )は現在終了し、平成24年3月22日よりMEDALSアーカイブとして公開しました。
	主な対象データ	DNA-配列

SokanProject

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	数値の行列データファイルから、パラメータを設定してPearson積率相関係数を総当たりで計算してテキストファイルに出力するJavaソフトウェアです。複数のマイクロアレイデータやノンターゲットメタボローム解析データなどの大規模な行列データセットから、遺伝子間の共発現性相関または代謝物ピーク間の共蓄積性相関などを計算することができます。得られた出力ファイルは、他のプログラムやスクリプトを用いることで、特定の遺伝子や代謝物と関係ある遺伝子または代謝物候補をスクリーニングしたり、遺伝子または代謝物の相関ネットワーク解析を行ったりするために使うことができます。また、スモールスケールの実験結果であっても同様にプログラムを適用できます。
	主な対象データ	遺伝子発現

SpiceHIT

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	CE-MSによるSIM分析データから、化合物ピークを迅速に同定するためのJavaソフトウェア。CSVテキストファイルを読み込んで、ピーク幅やピーク強度の閾値、スムージング機能などを用いてピーク抽出を行うことができる。あらかじめ用意した定義ファイルに基づいて、ピークの化合物名のアノテーションを自動で行うことができる。また、定義ファイルにはない溶出時間の異なる未知ピークに関しても一括してデータを収集することができ、GUIの画面でそれらのアノテーションをつけることもできる。同定したピークについて、質量値ごとにシートに分かれたExcel形式のレポートファイルを出力できる。同じ質量値の未知ピークを統一的に扱うことで、大規模なメタボローム解析用のデータセットを作成することができる。
	主な対象データ	代謝産物

THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX -

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	マイクロアレイ解析システム、TRBAXは主にスポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)により得られたデータをもとに、遺伝子の発現プロフィイルと分子生物学的機能、さらにはDNA 塩基配列とを効率的に対応づけることを可能としたデータ解析システムです。さらに、TREBAXはデータのフォーマットを合わせれば、スポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)以外のデータにも適用可能です。（http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/manual/Jmanual.pdf より引用）
	主な対象データ	遺伝子発現マイクロアレイデータ

Workflow

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ワークフローとは、一連の処理の流れを定義したものであり、データは異なるが同じような処理を繰り返し行う場合等に非常に有効な枠組みのことです。例えば、単純なワークフローとして、あるアミノ酸配列があり、その配列と相同な配列を探し、それら相同な配列をもとに系統樹を作成する等があります。この場合、アミノ酸配列をBLAST等の探索プログラム等にかけ、その結果からいくつかの相同な配列を取り出し、ひとつのファイルにまとめて、系統樹を作成するプログラムもしくはサーバ等に渡し計算させ結果を得ます。　このとき、この作業を一度ひとつのワークフローとして定義しておけば（このワークフローを行うプログラムを定義または作成する）、繰り返し行う場合非常に効率的です。（オリジナルサイトより引用）
	主な対象データ	ワークフロー

リンク自動管理システム

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	"リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。"
	主な対象データ	データ識別子（ID）

更新検知ツール

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。
	主な対象データ	Webページ

発がん性予測システム

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	化合物を投与したラット肝臓における遺伝子の発現量を測定し、発がん性予測用にカスタマイズされた遺伝子群を用いて、早期に化合物の発がんリスクを予測するものです。通常のげっ歯類を用いた発がん性試験は投与期間として2年間が必要ですが、本システムでは14日間もしくは28日間の短期間投与で得られる生体試料を適用できることが大きな特徴です。（出典：オリジナルサイトより）本システムは受託解析サービスとして事業化されています。
	主な対象データ	化合物

その他 ( 29件 )