成果物名 SokanProject
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

数値の行列データファイルから、パラメータを設定してPearson積率相関係数を総当たりで計算してテキストファイルに出力するJavaソフトウェアです。複数のマイクロアレイデータやノンターゲットメタボローム解析データなどの大規模な行列データセットから、遺伝子間の共発現性相関または代謝物ピーク間の共蓄積性相関などを計算することができます。得られた出力ファイルは、他のプログラムやスクリプトを用いることで、特定の遺伝子や代謝物と関係ある遺伝子または代謝物候補をスクリーニングしたり、遺伝子または代謝物の相関ネットワーク解析を行ったりするために使うことができます。また、スモールスケールの実験結果であっても同様にプログラムを適用できます。

成果物のタイプ Tool
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://www.kazusa.or.jp/komics/ja/tool-ja/34-sokanproject.html
インターフェイス GUI
入力

出力

入力例

「Select File」でファイル(データ行列)を選択し、出力する係数範囲を指定した後、「Start」ボタンを押すと、処理が開始され、結果がファイルに出力されます。

キーワード
ピアソン相関係数 | DNAマイクロアレイ | 共発現性
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0.42|http://www.kazusa.or.jp/komics/images/komics/tool/SokanProject/SokanProject.zipをダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ 遺伝子発現
生物種
全生物種
利用条件 本ソフトウェアはアカデミックフリーです。商用利用は認めておりません。
データ更新頻度 (過去2年間) 0回
最終更新日(調査日) 2005/07/00 (2011/12/11)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 調査中
外部リンク

調査中

論文等(PubMed ID)

なし