MEDALS 経済産業省関連ライフサイエンス総合データベースポータル

ASTRA

要約	ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから)
主な対象データ	DNA-配列

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CellMontage

要約	CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。
主な対象データ	遺伝子発現 \| 細胞 \| 組織

要約

CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。

主な対象データ

遺伝子発現 | 細胞 | 組織

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Evola

要約	Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。
主な対象データ	比較ゲノム

要約

Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。

主な対象データ

比較ゲノム

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FLJ Human cDNA Database

要約	FLJヒト完全長cDNAデータベースはTSSの多様化やスプラシシングにより引き起こされるmRNAの多様性に焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースとして構築されました。ヒト遺伝子数は20,000-25,000と推定されていました。しかし、ヒトmRNAの多型は100,000程度と予測されています。この多様性はTSSとスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。先行のヒトcDNAプロジェクトでは、約30,000のヒト完全長cDNA配列がDDBJ/GenBank/EMBLに登録され、更にオリゴキャップ法で構築されたヒト組織や細胞の約100種にもわたるcDNAライブラリー由来のFLJ完全長cDNAの1400000件　5’末端ESTを取得した。（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データ	DNA-配列完全長cDNA

要約

FLJヒト完全長cDNAデータベースはTSSの多様化やスプラシシングにより引き起こされるmRNAの多様性に焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースとして構築されました。ヒト遺伝子数は20,000-25,000と推定されていました。しかし、ヒトmRNAの多型は100,000程度と予測されています。この多様性はTSSとスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。先行のヒトcDNAプロジェクトでは、約30,000のヒト完全長cDNA配列がDDBJ/GenBank/EMBLに登録され、更にオリゴキャップ法で構築されたヒト組織や細胞の約100種にもわたるcDNAライブラリー由来のFLJ完全長cDNAの1400000件　5’末端ESTを取得した。（出典：オリジナルサイトより）

主な対象データ

DNA-配列完全長cDNA

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G-compass

要約	G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。
主な対象データ	比較ゲノム

要約

G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。

主な対象データ

比較ゲノム

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GenoBase

要約	GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
主な対象データ	アノテーション

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GlycoExplorer

要約	糖鎖科学に関する統合検索システムです。検索キーワードに関する共起するキーワードと、書誌情報を提供しています。
主な対象データ	糖鎖

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GlycoPOD

要約	GlycoPODは、糖鎖科学実験マニュアルデータベースです。概要や手順、参考文献以外にもQ&Aや評価情報も提供しています。
主な対象データ	糖鎖科学実験プロトコール

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H-ANGEL

要約	H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。
主な対象データ	遺伝子発現

要約

H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。

主な対象データ

遺伝子発現

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H-DBAS

要約	H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの（代表選択的スプライシングバリアント；RASV）が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。
主な対象データ	ヒト・マウス完全長cDNA、ヒト・マウスmRNA、ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌRNA

要約

H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの（代表選択的スプライシングバリアント；RASV）が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。

主な対象データ

ヒト・マウス完全長cDNA、ヒト・マウスmRNA、ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌRNA

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H-EPD

要約	H-Inv Extended Protein Database (H-EPD)は、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列を提供しています。H-InvDB独自の転写産物より予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot・RefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定にご利用できます。
主な対象データ	タンパク質-配列

要約

H-Inv Extended Protein Database (H-EPD)は、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列を提供しています。H-InvDB独自の転写産物より予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot・RefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定にご利用できます。

主な対象データ

タンパク質-配列

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H-Exp

要約	iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。※オリジナルサイトは現在公開を停止しております。
主な対象データ	遺伝子発現

要約

iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。※オリジナルサイトは現在公開を停止しております。

主な対象データ

遺伝子発現

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H-InvDB

要約	H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
主な対象データ	RNA ヒト完全長cDNA, mRNA

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HGPD

要約	HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）
主な対象データ	DNA-配列

要約

HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）

主な対象データ

DNA-配列

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JSNP DATABASE

要約	日本人一般集団７８６人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル（対立遺伝子）頻度のデータを第9回公開から提供しています。NEDOプロジェクトの成果（データ）が一部含まれています。
主な対象データ	DNA-多型アレル（対立遺伝子）頻度

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MiFuP

要約	MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報（機能を発揮するメカニズム、実用化例等）を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。
主な対象データ	DNA-配列 \| アミノ酸配列 \| アノテーション

要約

MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報（機能を発揮するメカニズム、実用化例等）を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。

主な対象データ

DNA-配列 | アミノ酸配列 | アノテーション

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NBRCオンラインカタログ検索

要約	NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
主な対象データ	DNA-配列

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PMPj-Blast

要約	ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、マイクロアレイプローブなど、PMPj（NEDO植物物質生産プロジェクト、H14?22）で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース（出典：オリジナルサイトより）。
主な対象データ	DNA-配列、EST-配列

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RAvariome

要約	RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。
主な対象データ	遺伝子/ゲノム多型

要約

RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。

主な対象データ

遺伝子/ゲノム多型

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Recount DB

要約	RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。
主な対象データ	RNA

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RNAapt3D

要約	RNAapt3Dは、RNA配列、その二次・三次構造情報、RNAアプタマーの標的タンパク質、RNA-タンパク質相互作用のネットワークを含むRNAアプタマーのデータベースです。三次構造は、モデル化ツール、RASCAL、および分子動力学シミュレーションを使用して、さまざまな二次構造を考慮して、与えられた RNA シーケンスによって予測されます。このデータベースは、三次構造解析、塩基フリップ位置によるモチーフ検索、および RNA タンパク質複合体分子シミュレーションによる出発点に関する洞察を提供するために使用できます。このデータベースは、標的分子に対する RNA アプタマーの設計に関する研究を容易にし、候補選択の効率と生産性を向上させます。
主な対象データ	RNA 立体構造

要約

RNAapt3Dは、RNA配列、その二次・三次構造情報、RNAアプタマーの標的タンパク質、RNA-タンパク質相互作用のネットワークを含むRNAアプタマーのデータベースです。三次構造は、モデル化ツール、RASCAL、および分子動力学シミュレーションを使用して、さまざまな二次構造を考慮して、与えられた RNA シーケンスによって予測されます。このデータベースは、三次構造解析、塩基フリップ位置によるモチーフ検索、および RNA タンパク質複合体分子シミュレーションによる出発点に関する洞察を提供するために使用できます。このデータベースは、標的分子に対する RNA アプタマーの設計に関する研究を容易にし、候補選択の効率と生産性を向上させます。

主な対象データ

RNA 立体構造

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SAHG

要約	ヒトゲノム予測構造・機能アノテーションの包括的なデータベースです。タンパク質をコードする全ORFが構造予測の対象です。このデータベースの開発ではJST（独立行政法人　科学技術振興機構）のサポートを受けています（出典：オリジナルサイト）。
主な対象データ	タンパク質-立体構造

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TOT-DB

要約	TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。
主な対象データ	比較ゲノム

要約

TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。

主な対象データ

比較ゲノム

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TuMaRdb

要約	疾患（がん）に対する糖鎖マーカーのデータベースです。マーカーの名前と疾患名で、関連遺伝子情報や文献情報を検索する事ができます。82種のマーカーと438種の事例が格納されています。
主な対象データ	糖鎖マーカー

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VarySysDB

要約	VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。
主な対象データ	DNA-多型

要約

VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。

主な対象データ

DNA-多型

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微生物データベースシステム

要約	微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。
主な対象データ	文献旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど

要約

微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。

主な対象データ

文献旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど

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機能性RNAゲノムブラウザー

要約	機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。
主な対象データ	比較ゲノム

要約

機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。

主な対象データ

比較ゲノム

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機能性RNA配列データベース

要約	fRNAdbは、既存のRNAデータベースから収集した既知及び予測RNAの配列情報と、機能性RNAプロジェクトで採取したものや予測したRNA配列情報を提供しています。各配列には文献情報やゲノム上の位置、類似配列の情報などが関連付けられています。強力なキーワード検索と相同性検索機能を提供しています。
主な対象データ	RNA

要約

fRNAdbは、既存のRNAデータベースから収集した既知及び予測RNAの配列情報と、機能性RNAプロジェクトで採取したものや予測したRNA配列情報を提供しています。各配列には文献情報やゲノム上の位置、類似配列の情報などが関連付けられています。強力なキーワード検索と相同性検索機能を提供しています。

主な対象データ

RNA

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糸状菌ゲノム・転写制御データベース

要約	糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油など、発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為にシングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。
主な対象データ	DNA-配列

要約

糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油など、発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為にシングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。

主な対象データ

DNA-配列

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