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データベース便覧

RNA ( 28件 )
ASTRA
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要約 | ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから) |
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主な対象データ | DNA-配列 |
CellMontage
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要約 | CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。 |
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主な対象データ | 遺伝子発現 | 細胞 | 組織 |
Evola
FLJ Human cDNA Database
G-compass
GenoBase
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要約 | GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。 |
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主な対象データ | アノテーション |
GlycoExplorer
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要約 | 糖鎖科学に関する統合検索システムです。検索キーワードに関する共起するキーワードと、書誌情報を提供しています。 |
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主な対象データ | 糖鎖 |
GlycoPOD
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要約 | GlycoPODは、糖鎖科学実験マニュアルデータベースです。概要や手順、参考文献以外にもQ&Aや評価情報も提供しています。 |
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主な対象データ | 糖鎖科学実験プロトコール |
H-ANGEL
H-DBAS
H-EPD
H-Exp
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[ 公式 サイト ]
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要約 | iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。※オリジナルサイトは現在公開を停止しております。 |
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主な対象データ | 遺伝子発現 |
H-InvDB
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要約 | H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。 |
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主な対象データ | "RNA ヒト完全長cDNA, mRNA" |
HGPD
JSNP DATABASE
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要約 | 日本人一般集団786人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル(対立遺伝子)頻度のデータを第9回公開から提供しています。NEDOプロジェクトの成果(データ)が一部含まれています。 |
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主な対象データ | DNA-多型 アレル(対立遺伝子)頻度 |
MiFuP
NBRCオンラインカタログ検索
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要約 | NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
PMPj-Blast
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要約 | ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj(NEDO植物物質生産プロジェクト、H14?22)で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース(出典:オリジナルサイトより)。 |
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主な対象データ | DNA-配列 、EST-配列 |
RAvariome
Recount DB
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[ 公式 サイト ]
[ 詳細を見る ] |
要約 | RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。 |
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主な対象データ | RNA |
SAHG
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要約 | ヒトゲノム予測構造・機能アノテーションの包括的なデータベースです。タンパク質をコードする全ORFが構造予測の対象です。このデータベースの開発ではJST(独立行政法人 科学技術振興機構)のサポートを受けています(出典:オリジナルサイト)。 |
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主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
TOT-DB
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[ 公式 サイト ]
[ 詳細を見る ] |
要約 | TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。 |
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主な対象データ | 比較ゲノム |
TuMaRdb
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要約 | 疾患(がん)に対する糖鎖マーカーのデータベースです。マーカーの名前と疾患名で、関連遺伝子情報や文献情報を検索する事ができます。82種のマーカーと438種の事例が格納されています。 |
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主な対象データ | 糖鎖 マーカー |
VarySysDB
微生物データベースシステム
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[ 公式 サイト ]
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要約 | 微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。 |
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主な対象データ | 文献 旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど |
機能性RNAゲノムブラウザー
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[ 公式 サイト ]
[ 詳細を見る ] |
要約 | 機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。 |
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主な対象データ | 比較ゲノム |
機能性RNA配列データベース
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要約 | fRNAdbは、既存のRNAデータベースから収集した既知及び予測RNAの配列情報と、機能性RNAプロジェクトで採取したものや予測したRNA配列情報を提供しています。各配列には文献情報やゲノム上の位置、類似配列の情報などが関連付けられています。強力なキーワード検索と相同性検索機能を提供しています。 |
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主な対象データ | RNA |
糸状菌ゲノム・転写制御データベース
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[ 公式 サイト ]
[ 詳細を見る ] |
要約 | 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |