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ALN
| 要約 | Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳) |
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| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
ASIAN
| 要約 | ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 プロファイル |
CoCoozo
| 要約 | CoCoozoはペプチド・タンデム質量分析向け並列高速サーチエンジンです。ピーク強度のパターンに相当するタンパク質配列を同定するために、MSスペクトルデータをクエリーとしてタンパク質配列データベースに対して高速な検索を行います。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 |
DPClus
| 要約 | DPClusは主に分子生物学的機能ネットワークにおけるタンパク質相互作用が密な部分をクラスターとして抽出・表示することが出来るソフトウェアです。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-機能 |
FORTE
| 要約 | FORTEは、タンパク質構造類似性検索のためのプロファイル-プロファイル比較ツールです。ユーザーは、問い合わせタンパク質のアミノ酸配列を用いて、既知立体構造との類似性検索を行うことが可能です。検索結果は、ペアワイズアラインメントの形式で表示されます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
GPCRs Interaction Partners
| 要約 | GRIPはGPCR多量体化インターフェイスを予測するウェブアプリケーションツールです。このツールではSCDで予測されたインタフェースを提供し、その提供されたインタフェースはJmolを利用して対話的に表示する事ができます。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | 相互作用 GPCR |
HEAT
| 要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
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| 主な対象データ | アノテーション |
HomeoRoq
| 要約 | HomeoRoqはA. halleri subsp. gemmiferaとA. lyrata subsp. petraeaのゲノム配列を読み込み、異質多倍数体におけるホモログの発現のレベルを評価できる。これらのホモログ固有の発現の違いの統計的有意性を検出する。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸配列 |
MitoFates
| 要約 | MitoFatesはミトコンドリアプレ配列、N末端にあるミトコンドリア局在シグナル及びその切断部位を予測するツールです。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸配列 |
myPresto
| 要約 | myPrestoは、国等から委託を受けて実施した「生体高分子立体構造情報解析」等のプロジェクトの中で開発した分子シミュレーションを構成するプログラム群等です。 myPrestoは、医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーション計算のプログラム群であり、化合物の二次元構造を三次元構造に変換し、タンパク質等のモデリング、タンパク質-薬物ドッキング、in silicoスクリーニング等を従来に比べて短時間で高精度・高能率に行うことができます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
PMID-Extractor
| 要約 | ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。 |
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| 主な対象データ | 文献 |
POODLE
| 要約 | POODLEは、アミノ酸配列から機械学習法を用いて、タンパク質のディスオーダー（立体構造を形成しない）領域を予測するプログラム群です。POODLEは、短いディスオーダー領域用（S)、長いディスオーダー領域用(L)と配列全体用(W)の3種類があります。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸特性 |
PRRN
| 要約 | PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。 |
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| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
SlideSort
| 要約 | 編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 タンパク質-配列 |
SPALN
| 要約 | SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
TACT
| 要約 | Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
tantan
| 要約 | tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。２つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、RNA、 アミノ酸 |
TMBETA-NET
| 要約 | TMBETA-NETはβシート型膜タンパク質を構造特徴量を考慮するとともにニューラルネットを応用して、 配列から判別するシステムです。[出典]産総研 事業報告書（平成16年度）http://unit.aist.go.jp/plan/enterprise-report/h16enterprise-report.pdf |
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| 主な対象データ | タンパク質-モチーフ |
WoLF PSORT
| 要約 | WoLF PSORTは1) アミノ酸から蛋白質の細胞内局在予測2) 蛋白質の細胞内局在化アノテーションを提供しています。1)は任意のアミノ酸配列に対してできる。2)はuniprotと文献情報を整理した情報です。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 真核生物の核ゲノムにコードされている蛋白質 |
タンパク質超二次構造のデータマイニング解析
| 要約 | タンパク質の二次構造の帰属にDSSP法（Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637）が標準的手法として広く用いられています。しかしながら、DSSP法はコード化手法としてはloopもしくはirregularに対応する、符号化されないアミノ酸残基のブランクがかなりの頻度で存在するため、データマイニングの用途には適していませんでした。当研究グループで開発したDCCP法（Dictionary of Conformational Code in Proteins）は、タンパク質X線結晶構造データの3D情報を1D情報に変換することで、そのコンフォメーションをαへリックス型パターン h、βシート型パターン s、その他の型のパターン o の３種類の符号のみで記述することができます。特に、複雑な構造を持ったloopのような超二次構造のデータマイニングに有効で、構造は似ていながらアミノ酸配列が大きく異なるタンパク質の多型解析に役立ちます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質立体構造 |
更新検知ツール
| 要約 | 予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。 |
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| 主な対象データ | Webページ |
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