成果物名 HEAT
成果物の別名 H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール
成果物に関する説明

H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://hinv.jp/HEAT/search.php?lang=jp
インターフェイス GUI
入力

遺伝子リスト(テキスト)

出力

遺伝子セットリスト(テキスト(TSV))

入力例

「遺伝子リスト投入画面」のテキストボックスに複数の遺伝子名かIDを入れ、「遺伝子リストの投入」ボタンを押し、さらにリストの確認後に「解析実行」ボタンを押すと、遺伝子リストの特徴が表示される。

キーワード
GSEA | ヒト遺伝子 | アノテーション
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース ID一括変換システム | H-InvDB
主な対象データ アノテーション
生物種
脊椎動物-哺乳類-ヒト
利用条件 表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間) 2
最終更新日(調査日) 2011/07/27 (2011/07/29)
利用できるID
H-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv cluster ID (HIX) | Accession Number | HUGO gene symbol
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

"InterPro, SCOP, KEGG pathway, G-integra, HIF"

論文等(PubMed ID)

pmid:15103394 | pmid:18089548