成果物名 KaPPA-View
成果物の別名 The Kazusa Plant Pathway Viewer
成果物に関する説明

"KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典:CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/)2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。(出典:オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html )"

成果物のタイプ Tool
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL 運用終了
インターフェイス GUI
入力

出力

入力例

[Guest Login]ボタンを押して、メインメニューを表示する。上段の[Create Accoount]メニューをクリックし、「LoginName」と「Email」を登録する。Emailでパスワードを受け取る。トップ画面( http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ ) で「Name」にLoginName、「Password」にパスワードを入力して「Login」ボタンをクリックする。「Temporary Upload」をクリックする。「Experiment File」にファイルを指定して、「Upload」ボタンをクリックする。

キーワード
遺伝子発現 | トランスクリプトーム | 代謝産物蓄積 | メタボローム | オミクス| 植物 | 代謝経路
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 2 (KaPPA-Viewツール)|なし
使っている外部リソース なし
主な対象データ 代謝産物  遺伝子発現
生物種
植物-シロイヌナズナ、イネ、トマト、ミヤコグサ
利用条件 アカウント必要(ダウンロード版はアカウント不要)
データ更新頻度 (過去2年間) 2
最終更新日(調査日) 2012/00/00 (2012/10/18)
利用できるID
-
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

KEGG (http://www.genome.jp/kegg/)

論文等(PubMed ID)

pmid:16010003 | Sakurai N and Shibata D (2006) KaPPA-View for integrating quantitative transcriptomic and metabolomic data on plant metabolic pathway maps. J Pesticide Science, 31, 293-295 | Tokimatsu T, Sakurai N, Suzuki H and Shibata D (2006) KaPPA-View: A tool for Integrating Transcriptomic and Metabolomic Data on Plant Metabolic Pathway Maps. In Saito K, Dixon RA and Willmitzer L eds, Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol. 57, pp. 155-163, Springer-Verlag, Berlin Heidelberg | Ogata Y, Sakurai N, Provart NJ, Steinhauser D and Krall L (2008) Bioinformatics Tools to Discover Co-Expressed Genes in Plants. In Kahl G and Meksem K eds, The Handbook of Plant Functional Genomics: Concepts and Protocols, pp. 309-335, WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim