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RNA

A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity

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要約このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配列を抽出する解析プログラムです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-モチーフ
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CentroidAlifold

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要約CentroidAlifoldはアラインメントされたRNA配列から二次構造を予測するツールです。CentroidAlifoldは、CentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA 二次構造
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CentroidAlign

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要約CentroidAlignは、sum-of-pairスコア最大化法を利用して、精度よく、高速にRNAの多重アラインメントを作成します。ダウンロードページから3種のアーカイブ(linux(Intel用)、linux(AMD用)、windows)を取得できます。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA アラインメント
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CentroidFold

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要約CentroidFoldはRNAの2次構造予測および共通2次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。
主な対象データRNA
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CentroidHomfold

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要約CentroidHomfoldは相同性配列を使ったRNAの2次構造予測を行います。ダウンロード版とWebサーバー版が提供されています。CentroidHomfoldはCentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データ二次構造
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ChIP2LAMP

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要約「ChIP2LAMP」は、ChIP-seqとRNA-seq結果を統合し、発現変動に有意に関連する転写因子の組合せを見つけるソフトウェアです。
主な対象データ"DNA-配列 , RNA-配列"
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DAFS

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要約"期待精度最大化原理に基づいてRNA構造アラインメントを整数計画問題として定式化し,双対分解によってこれを高速に解くRNA配列アラインメントツールです。DAFSはFASTAフォーマットを入力として、構造アラインメントを出力します。"
主な対象データRNA
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Dnemulator

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要約DNA配列のエラーや多型、シトシンメチル化、バイサルファイト変換をシミュレートするツールです。
主な対象データDNA-配列
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Fdur

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要約系統学的ツリーモデルにおける十分統計量と期待値最大化アルゴリズムをつかったツール(出典:オリジナルサイトより翻訳)。
主な対象データRNA
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HEAT

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要約H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
主な対象データアノテーション
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IPknot

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要約RNAの特殊な2次構造である偽結び目構造(シュードノット)を期待精度最大化法で予測するツールです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA 偽結び目構造
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Idiographica

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要約Idiographicaは、自分用のイデオグラムを作成するウェブサーバーです。ウェブ入力フォームに情報を入力してから、submitボタンをクリックしてください。ldiographicaサーバーからあなたにイデオグラム作成完了をお知らせするメールが届きます。イデオグラムは如何なる制約や義務も必要と致しません。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データ染色体
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LAMPLINK

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要約LAMPLINKはGWASデータから2つ以上のSNPsの統計的有意性のあるエピスタシス相互作用を検出することができる。広く知られたGWAS解析ソフトであるPLINKと同じ方法である。LAMPLINKは多重仮説検証を行うLANPを用いてエピスタシス相互作用を検出するオプションを追加したものである。
主な対象データ"DNA-配列 , RNA-配列"
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LAST

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要約DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。
主な対象データDNA-配列  RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット
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MAFFT

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要約MAFFTはUNIX系OSで稼働する多重アラインメントプログラムです。このプログラムはL-INS-iやFFT-NS-2などの範囲で多重アラインメント法が利用できます。ダウンロード版(MacOS X用、Windows用、Linux用、Sourceファイル)とオンライン版を提供しています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-配列 アラインメント
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MXSCARNA

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要約RNA配列のマルチプルアラインメントツールです。それぞれのRNA配列の塩基対確率行列を用いて、配列群の共通二次構造を考慮してアラインメントします。
主な対象データRNA  (RNA配列)
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Murlet

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要約MurletはSankoffアルゴリズムにもとづきRNAのマルチプルアライメントを高速かつ低メモリに作成するプログラムです。産業技術総合研究所の生命情報工学研究センターで開発されました。
主な対象データRNA
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PHMMTS

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要約PHMMTS法を利用して未知二次構造配列を既知の二次構造配列にアラインメントするツールです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA
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PMID-Extractor

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要約"ユーザの手元にある論文ファイル群(PDFまたはテキスト形式)から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの1ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。"
主な対象データ文献
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PSTAG

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要約PSTAGはRNAの偽結び目構造をアラインメント及び予測することができます。PSTAGアルゴリズムをベースとしたプログラムは、RNAの偽結び目構造や、さらにはncRNAの比較解析に、初めてグラマベースの実質的に実行可能なソフトウェアである。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA
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RNAmine

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要約RNAmineはRNA配列群から頻出するステムのパターンをグラフマイニングと呼ばれる情報技術を用いて抽出するためのソフトウェアです。
主な対象データRNA RNA配列群
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Raccess

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要約RNA転写産物の構造的アクセシビリティーをゲノムスケールで計算するツールです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA
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RactIP

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要約整数計画を使ったRNA-RNA相互作用の高速かつ精度のよい予測を行うツールです。バージョン0.0.1と0.0.2のソースコード、Windows用、Linux用が準備されています。
主な対象データRNA RNA-RNA インタラクション
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Rchange

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要約Rchangeは塩基置換おけるRNA二次構造のエネルギー変化を計算するツールです(出典:オリジナルサイトより翻訳)。
主な対象データRNA
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Recount

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要約次世代シーケンサーの誤読による配列度数誤差を修正するプログラムです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-配列  次世代シーケンサーデータ
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Rentropy

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要約Rentropyは、RNAの二次構造のボルツマン分布からエントロピーや、平均エネルギー、エネルギー変化を計算するツールです(出典:オリジナルサイトより翻訳) 。
主な対象データRNA
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Rfold

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要約構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、(塩基対間距離がW以下に制限された)局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW2)の時間計算量と、O(N+W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。
主な対象データRNA
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SAMURAI

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要約広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。移転のため休止。 (2012/11/05 確認)
主な対象データ遺伝子発現
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SCARNA Local Multiple

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要約SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold(Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。)で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA アラインメント
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SOKOS/CAN

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要約確率文脈自由文法でRNA配列解析を行うツールです。
主な対象データRNA  RNA配列
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SPALN

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要約SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。
主な対象データ比較ゲノム
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Scarna

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要約ncRNA.org Projectの類似RNAの構造アラインメント、検索ツールです。
主な対象データRNA
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SlideSort

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要約編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-配列 タンパク質-配列
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Stem Kernels

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要約StemKernelsは二次構造の観点から、RNAペア間の相同性を計測する為の、構造RNA用カーネル関数を実装したツールです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA
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TACT

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要約" Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。"
主な対象データDNA-配列
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miRRim

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要約miRRimは隠れマルコフモデル(HMM)をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA  (miRNA)
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paraclu

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要約配列に付属するデータのクラスターを発見するツール(出典:オリジナルサイトより翻訳)。
主な対象データDNA-配列
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seg-suite

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要約"配列セグメントの交差や配列アラインメントの合成を行うツールです。このツールでは「seg」フォーマットを利用できます。また、様々なデータフォーマットを「seg」フォーマットに変換する事ができます。"
主な対象データ"DNA-配列 , RNA-配列"
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siExplorer

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要約siExplorerはRNAi活性予測アルゴリズムによるsiRNA設計ツールです。
主な対象データRNA siRNA
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tantan

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要約tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。2つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-配列 、RNA、 アミノ酸
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更新検知ツール

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要約予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。
主な対象データWebページ
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