成果物名 Rfold
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、(塩基対間距離がW以下に制限された)局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW2)の時間計算量と、O(N+W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL 運用終了
インターフェイス Source Code を配布
入力

出力

入力例

source code ボタンをクリックする

キーワード
RNA
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 なし
使っている外部リソース なし
主な対象データ RNA
生物種
全生物種
利用条件 表示-継承アカウント不要
データ更新頻度 (過去2年間) 1
最終更新日(調査日) 2011/12/07 (2012/12/08)
利用できるID
なし
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

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論文等(PubMed ID)

pmid:18056736