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データベース便覧

DNA・ゲノム ( 35件 )
ARCHAIC
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要約 | "古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列(独自に決定したものを含む)を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記3種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。" |
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主な対象データ | DNA-配列 、ゲノム |
ASTRA
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要約 | ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから) |
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主な対象データ | DNA-配列 |
CGH Data Base
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要約 | CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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主な対象データ | 病気-ガン |
DOGAN
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[ 公式 サイト ]
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要約 | NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 、プロテオーム |
Distribution of Human cDNA Clones
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要約 | 独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター:NBRC (NITE Biological Resource Center)NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード検索、BLAST検索が可能です。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
DoBISCUIT
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[ 公式 サイト ]
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要約 | DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。 |
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主な対象データ | アノテーション 、二次代謝産物 |
Evola
FLJ Human cDNA Database
FuLoJa
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要約 | ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報を、InterProで解析したデータを集積したデータベース(出典:オリジナルサイトより) |
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主な対象データ | DNA-モチーフ |
G-compass
GGDB
GenoBase
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要約 | GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。 |
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主な対象データ | アノテーション |
H-InvDB
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要約 | H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。 |
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主な対象データ | "RNA ヒト完全長cDNA, mRNA" |
HGPD
JSNP DATABASE
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要約 | 日本人一般集団786人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル(対立遺伝子)頻度のデータを第9回公開から提供しています。NEDOプロジェクトの成果(データ)が一部含まれています。 |
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主な対象データ | DNA-多型 アレル(対立遺伝子)頻度 |
LEGENDA
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要約 | Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。 |
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主な対象データ | 文献 、遺伝子、疾患、基質 |
MCG CNV Database
MiFuP
MiFuP Safety
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要約 | 微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性(毒素生産や薬剤耐性等)に関わる遺伝子領域が含まれていないか検出し、対象の微生物が有害性機能を有するかどうかを推定できます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
NBRCオンラインカタログ検索
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要約 | NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
PMPj-Blast
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要約 | ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj(NEDO植物物質生産プロジェクト、H14?22)で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース(出典:オリジナルサイトより)。 |
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主な対象データ | DNA-配列 、EST-配列 |
RAvariome
SAHG
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要約 | ヒトゲノム予測構造・機能アノテーションの包括的なデータベースです。タンパク質をコードする全ORFが構造予測の対象です。このデータベースの開発ではJST(独立行政法人 科学技術振興機構)のサポートを受けています(出典:オリジナルサイト)。 |
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主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
SEVENS
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要約 | GPCR遺伝子の網羅的データベースです。7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。32の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、遺伝子を高精度に同定しています。 |
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主な対象データ | タンパク質-配列 アミノ酸配列 |
TOT-DB
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要約 | TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。 |
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主な対象データ | 比較ゲノム |
VarySysDB
アカシアESTデータベース
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要約 | 実用植物であるアカシア(Acacia mangium)のESTを6253個、配列決定し、そのデータを蓄積したデータベース。配列相同性による検索ができる。 |
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主な対象データ | DNA-配列 EST |
ミヤコグサEST・完全長配列
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要約 | マメ科のモデル植物であるミヤコグサ(Lotus. japonicus)の、98838のEST配列と3488の完全長cDNA配列を蓄積したデータベース。DDBJから公開済みのデータおよび非公開データをともにダウンロードすることができる。尚、完全長cDNA配列は現在公開準備中である。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
微生物データベースシステム
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要約 | 微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。 |
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主な対象データ | 文献 旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど |
微細藻類遺伝子工学データベース
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要約 | "微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報が集められているデータベース。それらの情報とは以下の6種類に分類されます。1. ホストーベクター系 (ベクターの構造, プロモーター, 研究機関、文献)2. 遺伝子導入法 (生物種, 方法, 文献)3. 有用物質の生産 (プロダクト, ホスト, 導入遺伝子, 文献)4. インヒビター耐性変異株 (生物種, インヒビター, 変異遺伝子, 文献)5. 合成トランスポゾン系6. 選択マーカー(オリジナルサイトより)" |
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主な対象データ | DNA-制御領域 |
機能性RNAゲノムブラウザー
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要約 | 機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。 |
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主な対象データ | 比較ゲノム |
糸状菌ゲノム・転写制御データベース
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要約 | 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
統合がんゲノムデータベース
遺伝子多様性データベース公開システム(H-GOLD)
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要約 | モデル疾患として選択した多因子性疾患について収集した遺伝子多型情報(JBIRCで収集し実験で多型性を確認したマイクロサテライト等)の2つのデータベースと疾患関連遺伝子を同定する実験・解析フロー(各種の検定、連鎖不平衡係数推定、集団のハプロタイプ頻度推定、ハプロタイプ組合せ分布推定等)のための7つの解析ツールです。Web上の解析サービスは平成19年3月で終了しました。解析ソフトウェアダウンロードサービスは利用可能です。平成24年6月22日より生命科学系データベースアーカイブにてGDBSのデータアーカイブが公開されました。 |
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主な対象データ | DNA-多型 、マイクロサテライト、SNP |