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データベース便覧

DNA・ゲノム ( 10/35件 )
ARCHAIC
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要約 | "古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列(独自に決定したものを含む)を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記3種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。" |
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主な対象データ | DNA-配列 、ゲノム |
ASTRA
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要約 | ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから) |
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主な対象データ | DNA-配列 |
CGH Data Base
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要約 | CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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主な対象データ | 病気-ガン |
DOGAN
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要約 | NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。 |
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主な対象データ | DNA-配列 、プロテオーム |
Distribution of Human cDNA Clones
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要約 | 独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター:NBRC (NITE Biological Resource Center)NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード検索、BLAST検索が可能です。 |
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主な対象データ | DNA-配列 |
DoBISCUIT
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要約 | DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。 |
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主な対象データ | アノテーション 、二次代謝産物 |
Evola
FLJ Human cDNA Database
FuLoJa
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要約 | ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報を、InterProで解析したデータを集積したデータベース(出典:オリジナルサイトより) |
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主な対象データ | DNA-モチーフ |