成果物名 G-compass
成果物の別名 G-compass : Comparative genome browser
成果物に関する説明

G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト+12生物種です(チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ)。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.h-invitational.jp/g-compass/
インターフェイス 検索サイト
入力例

トップページ上部の"Search genes/transcripts by"で、プルダウンメニューから"Keyword"を選び、テキストボックスに"calmodulin"を入力して"Search"ボタンを押す。

キーワード
ゲノムアラインメント | アノテーション
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 7113.0|トップページ上部の[Download]からダウンロードページが表示される。
使っている外部リソース H-InvDB | DDBJ | Ensembl | Refseq | UCSC
主な対象データ 比較ゲノム
生物種
"Homo sapiens | Bos taurus | Canis lupus familiaris | ... More
  • Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ]
  • Canis lupus familiaris [Taxonomy_id: 9615, ハイイロオオカミ]
  • Danio rerio [Taxonomy_id: 7955, ゼブラフィッシュ]
  • Equus caballus [Taxonomy_id: 9796, ウマ]
  • Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ]
  • Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]
  • Macaca mulatta [Taxonomy_id: 9544, アカゲザル]
  • Monodelphis domestica [Taxonomy_id: 13616, ハイイロジネズミオポッサム]
  • Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス]
  • Oryzias latipes [Taxonomy_id: 8090, メダカ]
  • Pan troglodytes [Taxonomy_id: 9598, チンパンジー]
  • Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット]
  • Tetraodon nigroviridis [Taxonomy_id: 99883]
"
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 4
最終更新日(調査日) 2010/01/29 (2012/08/08)
利用できるID
H-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv transcript ID (HIT) | Accession Number | HUGO gene symbol | InterPro ID
IDを使った成果物の利用方法 調査中
外部リンク

http://www.h-invitational.jp/g-compass/cgi-bin/gc_main.cgi?hit=[HIT ID]&species_1=[SPECIES1 (e.g. hg18)]&species_2=[SPECIES2(e.g. pt2)]

論文等(PubMed ID)

pmid:16169162