- 30/30
A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity
| 要約 | このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配列を抽出する解析プログラムです。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-モチーフ |
ALN
| 要約 | Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳) |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
ASIAN
| 要約 | ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 遺伝子発現 プロファイル |
ChIP2LAMP
| 要約 | 「ChIP2LAMP」は、ChIP-seqとRNA-seq結果を統合し、発現変動に有意に関連する転写因子の組合せを見つけるソフトウェアです。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 , RNA-配列 |
COSMOS
| 要約 | COSMOSは全ゲノムのショートリード・シーケンスから体細胞の構造の多様性を検出することができる。また、同種のトリオから新規の構造の違いを検出するのにも適用できる。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 遺伝子 |
fastapl
| 要約 | multifasta形式ファイルの処理を楽にするツールである。fastq形式に対応したfastqpl(ファスト・キュープル)も利用できる。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 |
GeneDecoder
| 要約 | GeneDecoderは、隠れマルコフモデルをベースとした真核生物ゲノムのDNA塩基配列から遺伝子を予測するソフトウェアです。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 、真核生物の遺伝子 |
HEAT
| 要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
|---|---|
| 主な対象データ | アノテーション |
LAMPLINK
| 要約 | LAMPLINKはGWASデータから２つ以上のSNPsの統計的有意性のあるエピスタシス相互作用を検出することができる。広く知られたGWAS解析ソフトであるPLINKと同じ方法である。LAMPLINKは多重仮説検証を行うLANPを用いてエピスタシス相互作用を検出するオプションを追加したものである。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 , RNA-配列 |
LAST
| 要約 | DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット |
MAFFT
| 要約 | MAFFTはUNIX系OSで稼働する多重アラインメントプログラムです。このプログラムはL-INS-iやFFT-NS-2などの範囲で多重アラインメント法が利用できます。ダウンロード版（MacOS X用、Windows用、Linux用、Sourceファイル）とオンライン版を提供しています。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 アラインメント |
MDV
| 要約 | Motif Distribution Viewer (MDV)は、プロモーター・モチーフの転写開始点（TSS)付近の位置分布を表示するツールです。プロモーター群をユーザーが指定できます（オリジナルサイトからの訳）。ツールはオリジナルサイトでも利用できますし、ダウンロードしてローカルマシンで利用することもできます。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-モチーフ |
PMID-Extractor
| 要約 | ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 文献 |
PRRN
| 要約 | PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
SCARNA Local Multiple
| 要約 | SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold（Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。）で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|
| 主な対象データ | RNA アラインメント |
seg-suite
| 要約 | 配列セグメントの交差や配列アラインメントの合成を行うツールです。このツールでは「seg」フォーマットを利用できます。また、様々なデータフォーマットを「seg」フォーマットに変換する事ができます。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 , RNA-配列 |
SlideSort
| 要約 | 編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 タンパク質-配列 |
SNP-system
| 要約 | これまでに「遺伝子多様性モデル解析事業」において開発された、遺伝子型と表現型との関連を検定するアルゴリズムを中心としたソフトウェア「QTLhaplo」や遺伝統計に基づく解析ソフトウェアを集め、共通のインターフェイスで統合したSNP-systemの開発を行い、公開しました。Webサイト( http://www.h-invitational.jp/snps/ )は現在終了し、平成24年3月22日よりMEDALSアーカイブとして公開しました。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 |
SPALN
| 要約 | SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 比較ゲノム |
tantan
| 要約 | tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。２つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 、RNA、 アミノ酸 |
toxRank
| 要約 | 遺伝子発現情報に基づき類似肝毒性化合物を検索するWEBサービスである。本プロジェクトにおいて計測された全遺伝子発現データからランクマトリクスを構築し、化合物投与時における変動遺伝子（upとdown分子刻印）を入力として、遺伝子発現プロファイルを基に類似性検索を行い、類似化合物と有意遺伝子・パスウェイを連携させた。toxRankでは、ランクマトリクスを参照することで、類似性を評価してその結果を表示させているが、この参照ランクマトリクスを動的に生成可能とするWEB開発を行った。よって、利用者が肝毒性に重要と考える遺伝子やtoxBridgeで得られた分子パネルから可変ランクマトリクスを生成することが可能であり、分子パネルによる類似性検索やDILI等の情報を付加したクラスタリングおよびネットワーク解析による肝毒性予測に繋げている。加えて、発現データの変動幅を考慮し、遺伝子変動を粗視化したパスウェイマトリクスによる類似性検索機能の実装も行っている。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 化合物 |
予測プログラム
| 要約 | 遺伝子削除可能領域予測プログラムは、データベース上の情報を元に必須遺伝子や合成致死となる遺伝子を含まず、かつ欠失変異により増殖遅延などの不利な形質が現れないような遺伝子が連続して並んでいる領域を検索するプログラムです。（出典：事後評価報告書より） |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 |
更新検知ツール
| 要約 | 予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。 |
|---|---|
| 主な対象データ | Webページ |
- 30/30