成果物名 SPALN
成果物の別名 space-efficient spliced alignment
成果物に関する説明

SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。

成果物のタイプ Tool
運用機関 京都大学大学院 情報学研究科
機関所在国 日本
サイトURL http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/spaln/index.html
インターフェイス GUI|スタンドアローン型ソフトウェア
入力

塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)

出力

入力例

"Sequence 1"にcDNAやタンパク質、"Sequence 2"にゲノムの配列を入力する。そして"Output Format"で出力を選択し"summit"ボタンを押す。

キーワード
マッピング|アライメント|転写産物|ゲノム配列
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 -|なし
使っている外部リソース なし
主な対象データ 比較ゲノム
生物種
全生物種
利用条件 GPL V2
データ更新頻度 (過去2年間) 12
最終更新日(調査日) 2013/10/17 (2013/10/21)
利用できるID
-
IDを使った成果物の利用方法 適用なし
外部リンク

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論文等(PubMed ID)

pmid:22848105 | pmid:18344523 | pmid:18728043