成果物名 | SCARNA Local Multiple |
成果物の別名 | SCARNA_LM |
成果物に関する説明 | SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold(Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。)で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。(オリジナルサイトから翻訳) |
成果物のタイプ | Tool |
運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
機関所在国 | 日本 |
サイトURL | - |
インターフェイス | CUI |
入力 | |
出力 | |
入力例 | scarna_lm [options] input_sequence(multi FASTA format) |
キーワード | ローカルマルチプルアラインメント | 判別可能なペアワイズアラインメントモデル |
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 | なし |
使っている外部リソース | なし |
主な対象データ | RNA アラインメント |
生物種 | 全生物種 |
利用条件 | - |
データ更新頻度 (過去2年間) | 1回/年 |
最終更新日(調査日) | 2008/06/23 (2019/06/03) |
利用できるID | N/A |
IDを使った成果物の利用方法 | なし |
外部リンク | N/A |
論文等(PubMed ID) | pmid:19376823 |
稼働状況 | 運用終了 |