ツール

SCARNA Local Multiple

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成果物名SCARNA Local Multiple
成果物の別名SCARNA_LM
成果物に関する説明SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold(Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。)で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。(オリジナルサイトから翻訳)
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURL-
インターフェイスCUI
入力
出力
入力例scarna_lm [options] input_sequence(multi FASTA format)
キーワードローカルマルチプルアラインメント | 判別可能なペアワイズアラインメントモデル
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法なし
使っている外部リソースなし
主な対象データRNA アラインメント
生物種全生物種
利用条件-
データ更新頻度 (過去2年間)1回/年
最終更新日(調査日)2008/06/23 (2019/06/03)
利用できるIDN/A
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクN/A
論文等(PubMed ID)pmid:19376823
稼働状況運用終了