成果物名 SCARNA Local Multiple
成果物の別名 SCARNA_LM
成果物に関する説明

SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold(Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。)で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。(オリジナルサイトから翻訳)

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL 運用終了
インターフェイス CUI
入力

出力

入力例

scarna_lm [options] input_sequence(multi FASTA format)

キーワード
ローカルマルチプルアラインメント | 判別可能なペアワイズアラインメントモデル
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 なし
使っている外部リソース なし
主な対象データ RNA アラインメント
生物種
全生物種
利用条件 -
データ更新頻度 (過去2年間) 1回/年
最終更新日(調査日) 2008/06/23 (2011/01/12)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

N/A

論文等(PubMed ID)

pmid:19376823