成果物名 LAMPLINK
成果物の別名 detection of statistically significant epistatic interactions
成果物に関する説明

LAMPLINKはGWASデータから2つ以上のSNPsの統計的有意性のあるエピスタシス相互作用を検出することができる。広く知られたGWAS解析ソフトであるPLINKと同じ方法である。LAMPLINKは多重仮説検証を行うLANPを用いてエピスタシス相互作用を検出するオプションを追加したものである。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 創薬基盤研究部門
機関所在国 日本
サイトURL http://a-terada.github.io/lamplink/
インターフェイス CUI
入力

"SNPデータ(MAP,PEDフォーマット)"

出力

統計解析結果(テキスト(TSV))

入力例

サイト画面にてGWASデータセットを用いた結果が示されている。

キーワード
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 105|https://github.com/a-terada/lamplink/archive/master.zip
使っている外部リソース 不明
主な対象データ "DNA-配列 , RNA-配列"
生物種
全生物種
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 不明
最終更新日(調査日) 2015
利用できるID
なし
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

なし

論文等(PubMed ID)

PMID:23882073 | PMID:17701901