A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity
| 要約 | このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配列を抽出する解析プログラムです。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-モチーフ |
ALN
| 要約 | Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳) |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
ASIAN
| 要約 | ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 遺伝子発現 プロファイル |
ChIP2LAMP
| 要約 | 「ChIP2LAMP」は、ChIP-seqとRNA-seq結果を統合し、発現変動に有意に関連する転写因子の組合せを見つけるソフトウェアです。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 , RNA-配列 |
COSMOS
| 要約 | COSMOSは全ゲノムのショートリード・シーケンスから体細胞の構造の多様性を検出することができる。また、同種のトリオから新規の構造の違いを検出するのにも適用できる。 |
|---|---|
| 主な対象データ | 遺伝子 |
fastapl
| 要約 | multifasta形式ファイルの処理を楽にするツールである。fastq形式に対応したfastqpl(ファスト・キュープル)も利用できる。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 |
GeneDecoder
| 要約 | GeneDecoderは、隠れマルコフモデルをベースとした真核生物ゲノムのDNA塩基配列から遺伝子を予測するソフトウェアです。 |
|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 、真核生物の遺伝子 |
