HEAT
| 要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
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| 主な対象データ | アノテーション |
LAMPLINK
| 要約 | LAMPLINKはGWASデータから２つ以上のSNPsの統計的有意性のあるエピスタシス相互作用を検出することができる。広く知られたGWAS解析ソフトであるPLINKと同じ方法である。LAMPLINKは多重仮説検証を行うLANPを用いてエピスタシス相互作用を検出するオプションを追加したものである。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 , RNA-配列 |
LAST
| 要約 | DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット |
MAFFT
| 要約 | MAFFTはUNIX系OSで稼働する多重アラインメントプログラムです。このプログラムはL-INS-iやFFT-NS-2などの範囲で多重アラインメント法が利用できます。ダウンロード版（MacOS X用、Windows用、Linux用、Sourceファイル）とオンライン版を提供しています。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 アラインメント |
MDV
| 要約 | Motif Distribution Viewer (MDV)は、プロモーター・モチーフの転写開始点（TSS)付近の位置分布を表示するツールです。プロモーター群をユーザーが指定できます（オリジナルサイトからの訳）。ツールはオリジナルサイトでも利用できますし、ダウンロードしてローカルマシンで利用することもできます。 |
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| 主な対象データ | DNA-モチーフ |
PMID-Extractor
| 要約 | ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。 |
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| 主な対象データ | 文献 |
PRRN
| 要約 | PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。 |
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| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |