成果物名 LAST
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://last.cbrc.jp/
インターフェイス "CUI(Charactor User Interface, またはコマンドライン)"
入力

塩基配列(FASTAフォーマット)

出力

アラインメント(テキスト)

入力例

入力はマルチファスタフォーマットの配列です。LASTのダウンロードには、examplesディレクトリに配列が幾つか入っています。

キーワード
ゲノム | 比較ゲノム | 配列タグマッピング | spaced seeds | サフィックスアレイ (suffix array) | Vmatch | X-drop アルゴリズム(algorithm)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0.4|http://last.cbrc.jp/archive/からソフトウェアをダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ DNA-配列  RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット
生物種
全生物種
利用条件 GNU GPL
データ更新頻度 (過去2年間) 32
最終更新日(調査日) 2014/02/12 (2014/02/12)
利用できるID
なし
IDを使った成果物の利用方法 適用なし
外部リンク

なし

論文等(PubMed ID)

pmid:21209072 | pmid:20110255 | pmid:20144198