成果物名 | LAST |
成果物の別名 | なし |
成果物に関する説明 | DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。 |
成果物のタイプ | Tool |
運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
機関所在国 | 日本 |
サイトURL | http://last.cbrc.jp/ |
インターフェイス | CUI(Charactor User Interface, またはコマンドライン) |
入力 | 塩基配列(FASTAフォーマット) |
出力 | アラインメント(テキスト) |
入力例 | 入力はマルチファスタフォーマットの配列です。LASTのダウンロードには、examplesディレクトリに配列が幾つか入っています。 |
キーワード | ゲノム | 比較ゲノム | 配列タグマッピング | spaced seeds | サフィックスアレイ (suffix array) | Vmatch | X-drop アルゴリズム(algorithm) |
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 | 0.4|http://last.cbrc.jp/archive/からソフトウェアをダウンロード |
使っている外部リソース | なし |
主な対象データ | DNA-配列 RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット |
生物種 | 全生物種 |
利用条件 | GNU GPL |
データ更新頻度 (過去2年間) | 32 |
最終更新日(調査日) | 2016/11/22 (2019/06/03) |
利用できるID | なし |
IDを使った成果物の利用方法 | 適用なし |
外部リンク | なし |
論文等(PubMed ID) | pmid:21209072 | pmid:20110255 | pmid:20144198 |
稼働状況 | 公開中 |