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TMBETA-GENOME

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成果物名TMBETA-GENOME
成果物の別名Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences.
成果物に関する説明"TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ?バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う""TMBETA-DISC""や""TMBETA-SVM""などのツールも提供されています。"
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/tmbeta-genome/desc.html
インターフェイスGUI
入力例Service タブを押して、左側のボックスで"organism name"を選択後、アノテーションの種類を選択して検索を実行。アミノ酸配列やその他の情報を入手可能。
キーワードAnnotation of Beta-Barrel Membrane Proteins | Machine learning
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法385|ダウンロード可能(開発者へお問い合わせください)
使っている外部リソースNCBI | SWISS-PROT | SOSUI | PDB
主な対象データタンパク質-立体構造
生物種全生物種
利用条件表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間)アーカイブ化済
最終更新日(調査日)2015/12/11 (2019/07/04) 運用終了、アーカイブ化
利用できるIDGenbank ID (gi)
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクNCBI
論文等(PubMed ID)pmid:17088282 | pmid:15531602 | pmid:15833441 | pmid:15980447 | pmid:16204348
稼働状況アーカイブ化