成果物名 PRRN
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和(WSPスコア)を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント(例えばプログレッシブ(累進法)アラインメント)の改良に特に有効です。

成果物のタイプ Tool
運用機関 京都大学大学院 情報学研究科
機関所在国 日本
サイトURL http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/prrn/index.html
インターフェイス "CUI (Character User Interface), Web"
入力

アミノ酸配列(FASTAフォーマット)

出力

アラインメント(テキスト)

入力例

調査中

キーワード
マルチプル | アライメント | アラインメント
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 1.3|トップページからダウンロードします。
使っている外部リソース なし
主な対象データ DNA配列、アミノ酸配列
生物種
全生物種
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 1
最終更新日(調査日) 2013/07/18 (2013/07/19)
利用できるID
調査中
IDを使った成果物の利用方法 調査中
外部リンク

調査中

論文等(PubMed ID)

pmid:1747779 | pmid:8324637 | pmid:7804871 | pmid:8590178 | pmid:8980688 | pmid:10463075 | pmid:17137519 | Gotoh, O. (1993) "Extraction of conserved or variable regions from a multiple sequence alignment." Proceedings of Genome Informatics Workshop IV, pp. 109-113. | Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H. (2008) “Improvement in speed and accuracy of multiple sequence alignment program PRIME.” IPSJ Trans. Bioinformat., 1, 2-12.