成果物名 COSMOS
成果物の別名 Somatic Large Structural Variation Detector
成果物に関する説明

COSMOSは全ゲノムのショートリード・シーケンスから体細胞の構造の多様性を検出することができる。また、同種のトリオから新規の構造の違いを検出するのにも適用できる。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 創薬基盤研究部門
機関所在国 日本
サイトURL http://seselab.org/cosmos/
インターフェイス CUI
入力

染色体位置(BAMフォーマット)

出力

染色体位置の統計データ(テキスト)

入力例

簡単な入力例。%bash cosmos.sh cosmos_example/tumor.bam cosmos_example/normal.bam

キーワード
体細胞構造変動
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 15.9|http://seselab.org/cosmos/cosmos.zip
使っている外部リソース なし
主な対象データ 遺伝子
生物種
全生物種
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 不明
最終更新日(調査日) 2016/00/00 (2019/07/09)
利用できるID
なし
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

なし

論文等(PubMed ID)

稼働状況

公開中