成果物名 HomeoRoq
成果物の別名 Homeolog expression analysis softwares
成果物に関する説明

HomeoRoqはA. halleri subsp. gemmiferaとA. lyrata subsp. petraeaのゲノム配列を読み込み、異質多倍数体におけるホモログの発現のレベルを評価できる。これらのホモログ固有の発現の違いの統計的有意性を検出する。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 創薬基盤研究部門
機関所在国 日本
サイトURL http://seselab.org/homeoroq/
インターフェイス CUI
入力

塩基配列(FASTAフォーマット)

出力

統計解析結果(テキスト)

入力例

親配列からインデックスファイルを作成する例。$ star --runMode genomeGenerate --genomeDir [Parent 1 dir] --genomeFastaFiles [Parent1_genome.fas] --runThreadN [Arbitrary value] --limitGenomeGenerateRAM [Arbitrary value]

キーワード
ホメオログ
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 10.5|http://seselab.org/homeoroq/homeoroq_140811.zip
使っている外部リソース なし
主な対象データ タンパク質-アミノ酸配列
生物種
全生物種
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 不明
最終更新日(調査日) 2014/08/11 (2019/07/09)
利用できるID
なし
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

なし

論文等(PubMed ID)

PMID:24423873

稼働状況

公開中