成果物名 | tantan |
成果物の別名 | なし |
成果物に関する説明 | tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。2つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。(オリジナルサイトから翻訳) |
成果物のタイプ | Tool |
運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
機関所在国 | 日本 |
サイトURL | http://cbrc3.cbrc.jp/~martin/tantan/ |
インターフェイス | CUI |
入力 | 塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット) |
出力 | 塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット) |
入力例 | tantanソースファイルを「makeコマンド」でセットアップします。DNAやRNAの配列のリピートのマスクを実行するには、次の様にFASTAフォーマットのファイルを入力に指定する。「tantan input-file > output-file」 |
キーワード | リピート | アラインメント | 予測エラー |
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 | 0.104|http://cbrc3.cbrc.jp/~martin/tantan/tantan-13.zipからファイルダウンロード |
使っている外部リソース | なし |
主な対象データ | DNA-配列 、RNA、 アミノ酸 |
生物種 | 全生物種 |
利用条件 | GPL |
データ更新頻度 (過去2年間) | 3回/1年 |
最終更新日(調査日) | 2011/07/07 (2019/06/03) |
利用できるID | N/A |
IDを使った成果物の利用方法 | なし |
外部リンク | N/A |
論文等(PubMed ID) | pmid:21109538 |
稼働状況 | 公開中 |