成果物名 tantan
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。2つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。(オリジナルサイトから翻訳)

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://cbrc3.cbrc.jp/~martin/tantan/
インターフェイス CUI
入力

塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)

出力

塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)

入力例

tantanソースファイルを「makeコマンド」でセットアップします。DNAやRNAの配列のリピートのマスクを実行するには、次の様にFASTAフォーマットのファイルを入力に指定する。「tantan input-file > output-file」

キーワード
リピート | アラインメント | 予測エラー
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0.104|http://cbrc3.cbrc.jp/~martin/tantan/tantan-13.zipからファイルダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ DNA-配列 、RNA、 アミノ酸
生物種
全生物種
利用条件 GPL
データ更新頻度 (過去2年間) 3回/1年
最終更新日(調査日) 2011/07/07 (2011/07/08)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

N/A

論文等(PubMed ID)

pmid:21109538