ツール

tantan

noimage
成果物名tantan
成果物の別名なし
成果物に関する説明tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。2つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。(オリジナルサイトから翻訳)
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://cbrc3.cbrc.jp/~martin/tantan/
インターフェイスCUI
入力塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)
出力塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)
入力例tantanソースファイルを「makeコマンド」でセットアップします。DNAやRNAの配列のリピートのマスクを実行するには、次の様にFASTAフォーマットのファイルを入力に指定する。「tantan input-file > output-file」
キーワードリピート | アラインメント | 予測エラー
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0.104|http://cbrc3.cbrc.jp/~martin/tantan/tantan-13.zipからファイルダウンロード
使っている外部リソースなし
主な対象データDNA-配列 、RNA、 アミノ酸
生物種全生物種
利用条件GPL
データ更新頻度 (過去2年間)3回/1年
最終更新日(調査日)2011/07/07 (2019/06/03)
利用できるIDN/A
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクN/A
論文等(PubMed ID)pmid:21109538
稼働状況公開中