ツール

SlideSort

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成果物名SlideSort
成果物の別名なし
成果物に関する説明編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。(オリジナルサイトから翻訳)
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://cbrc3.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php
インターフェイスCUI | GUI
入力塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)
出力
入力例DNAやタンパク質配列から類似ペアを見つけるには、次にコマンドを入力する。 slidesort -i input_seq-file(fasta format) -o output_file [options]
キーワード編集距離 | レーベンシュタイン距離
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法31|http://cbrc3.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php?Downloadからファイルダウンロード
使っている外部リソースなし
主な対象データDNA-配列 タンパク質-配列
生物種全生物種
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)3回/1年
最終更新日(調査日)2015/04/21 (2019/07/09)
利用できるIDN/A
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクN/A
論文等(PubMed ID)pmid:21148542
稼働状況公開中