成果物名 SlideSort
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。(オリジナルサイトから翻訳)

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://cbrc3.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php
インターフェイス CUI | GUI
入力

塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット)

出力

入力例

DNAやタンパク質配列から類似ペアを見つけるには、次にコマンドを入力する。 slidesort -i input_seq-file(fasta format) -o output_file [options]

キーワード
編集距離 | レーベンシュタイン距離
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 31|http://cbrc3.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php?Downloadからファイルダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ DNA-配列 タンパク質-配列
生物種
全生物種
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 3回/1年
最終更新日(調査日) 2013/03/20 (2013/03/21)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

N/A

論文等(PubMed ID)

pmid:21148542