成果物名 | SlideSort |
成果物の別名 | なし |
成果物に関する説明 | 編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。(オリジナルサイトから翻訳) |
成果物のタイプ | Tool |
運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
機関所在国 | 日本 |
サイトURL | http://cbrc3.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php |
インターフェイス | CUI | GUI |
入力 | 塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTAフォーマット) |
出力 | |
入力例 | DNAやタンパク質配列から類似ペアを見つけるには、次にコマンドを入力する。 slidesort -i input_seq-file(fasta format) -o output_file [options] |
キーワード | 編集距離 | レーベンシュタイン距離 |
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 | 31|http://cbrc3.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php?Downloadからファイルダウンロード |
使っている外部リソース | なし |
主な対象データ | DNA-配列 タンパク質-配列 |
生物種 | 全生物種 |
利用条件 | なし |
データ更新頻度 (過去2年間) | 3回/1年 |
最終更新日(調査日) | 2015/04/21 (2019/07/09) |
利用できるID | N/A |
IDを使った成果物の利用方法 | なし |
外部リンク | N/A |
論文等(PubMed ID) | pmid:21148542 |
稼働状況 | 公開中 |