成果物名 TMFunction
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

TMFunctionはアルファへリックスやベータバレル膜タンパクの機能に重要な残基についてのデータベースです。2907件のデータ、108件の論文、83件のタンパク、29種の機能が格納されています(オリジナルサイトから翻訳)。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL
インターフェイス GUI
入力例

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キーワード
"functional residues | UniProt ID | PDB code | PMID | Clostridium botulinum (食中毒菌) | Escherichia coli O157 (高病原性大腸菌) | Helicobacter pylori (潰瘍原因菌) | ... More
  • Clostridium botulinum (食中毒菌)
  • Escherichia coli O157 (高病原性大腸菌)
  • Helicobacter pylori (潰瘍原因菌)
  • Human herpesvirus 8 (カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス)
  • Leishmania donovani (内臓リーシュマニア症カラアザール病原虫)
  • Rhodobacter sphaeroides (光合成細菌)
  • Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
  • Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • Vibrio parahaemolyticus (食中毒菌)
"
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース PDB | PDB-REPRDB | Protein Data Bank of Transmembrane proteins | Membrane protein structures | MPtopo | PDBsum | UniProt | Transport Classification Database | OCA | Prosite | Pfam | Ion channels database | The mitochondria database | Orientations of proteins in membranes database | GPCRDB | SEVENS | GENIUS II | GRIFFIN | ARAMEMNON | TMBETA-GENOME | HMMTOP | TMPro | PONGO | TMHMM | SOSUI | TMBETA-DISC | TMBETA-SVM | TMBETA-RBF | TMBETA-NET | ProfTMB | Transfold | TMB-Hunt | PRED-TMBB | TBB-Pred | PUBMED
主な対象データ タンパク質-立体構造 、機能残基
生物種
"Homo sapiens | Escherichia coli | xenopus | ... More
  • Bacillus halodurans [Taxonomy_id: 86665, バチルス・ハロデュランス]
  • Bacteriophage M13 [Taxonomy_id: 10870, バクテリオファージM13]
  • Bordetella pertussis [Taxonomy_id: 520, 百日咳菌]
  • Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ]
  • Carassius auratus [Taxonomy_id: 7957, キンギョ]
  • Clostridium botulinum [Taxonomy_id: 1491, ボツリヌス菌]
  • Corynebacterium diphtheriae [Taxonomy_id: 1717, ジフテリア菌]
  • Cricetulus griseus [Taxonomy_id: 10029, モンゴルキヌゲネズミ]
  • Danio rerio [Taxonomy_id: 7955, ゼブラフィッシュ]
  • Emericella nidulans [Taxonomy_id: 162425]
  • Escherichia coli [Taxonomy_id: 562, 大腸菌]
  • Escherichia coli O157 [Taxonomy_id: 1045010, 大腸菌O157]
  • Escherichia coli UTI89 [Taxonomy_id: 364106, 大腸菌]
  • Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ]
  • Helicobacter pylori [Taxonomy_id: 210, ピロリ菌]
  • Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]
  • Human herpesvirus 8 [Taxonomy_id: 37296, ヒトヘルペスウイルス8型]
  • Leishmania donovani [Taxonomy_id: 5661, ドノバンリーシュマニア]
  • Manduca sexta [Taxonomy_id: 7130, タバコスズメガ]
  • Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス]
  • Oryctolagus cuniculus [Taxonomy_id: 9986, ウサギ]
  • Pongo pygmaeus [Taxonomy_id: 9600, ボルネオオランウータン]
  • Pseudomonas aeruginosa [Taxonomy_id: 287, 緑膿菌]
  • Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット]
  • Rhodobacter sphaeroides [Taxonomy_id: 1063, ロドバクター・スフェロイデス]
  • Rhodopseudomonas blastica [Taxonomy_id: 1075]
  • Saccharomyces cerevisiae [Taxonomy_id: 4932, 出芽酵母]
  • Saimiri boliviensis [Taxonomy_id: 27679, ボリビアリスザル]
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium [Taxonomy_id: 90371, サルモネラ菌]
  • Shigella dysenteriae [Taxonomy_id: 622, 志賀赤痢菌]
  • Staphylococcus aureus [Taxonomy_id: 1280, 黄色ブドウ球菌]
  • Vibrio parahaemolyticus [Taxonomy_id: 670, 腸炎ビブリオ]
  • Xenopus [Taxonomy_id: 8353, ツメガエル]
  • Xenopus laevis [Taxonomy_id: 8355, アフリカツメガエル]
"
利用条件 論文とURLを引用
データ更新頻度 (過去2年間) 1回/年
最終更新日(調査日) 2011/01/12 (2011/01/12)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

PDB (http://www.rcsb.org/) | PDB-REPRDB | Protein Data Bank of Transmembrane proteins (http://pdbtm.enzim.hu) | Membrane protein structures | MPtopo (MPtopo) | PDBsum (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/) | UniProt (http://www.uniprot.org/) | Transport Classification Database (http://www.tcdb.org) | OCA | Prosite (http://prosite.expasy.org/) | Pfam (http://pfam.xfam.org/) | Ion channels database (http://scifeeds.com/category/life-science/ion-channels/) | The mitochondria database (http://www.mitochondrial.net/database.php#geneinfo) | Orientations of proteins in membranes database (http://opm.phar.umich.edu/) | GPCRDB (http://www.gpcr.org/7tm/) | SEVENS (http://sevens.cbrc.jp/) | GENIUS II | GRIFFIN | ARAMEMNON (http://aramemnon.botanik.uni-koeln.de/) | TMBETA-GENOME | HMMTOP (http://www.enzim.hu/hmmtop/) | TMPro | PONGO | TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) | SOSUI (http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/sosui/) | TMBETA-DISC | TMBETA-SVM | TMBETA-RBF (http://rbf.bioinfo.tw/~sachen/OMPpredict/TMBETADISC-RBF.php) | TMBETA-NET | ProfTMB | Transfold (http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/transFold) | TMB-Hunt | PRED-TMBB (http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB) | TBB-Pred (http://www.imtech.res.in/raghava/tbbpred) | PUBMED (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

論文等(PubMed ID)

pmid:18842639