成果物名 DoBISCUIT
成果物の別名 細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。 放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されていますが、二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、これまで集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類した知識集約型のデータベースです。 二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。
成果物に関する説明

DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。

成果物のタイプ DB
運用機関 製品評価技術基盤機構 化学物質管理センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.bio.nite.go.jp/pks/
インターフェイス GUI
入力例

URLで表示される遺伝子クラスターのリストから興味のある遺伝子クラスターをクリックする。URL右上のSearch inと書いてあるテキストボックスに検索したい文字を入力する。URL(Search)で表示されるテキストボックスに検索したい文字を入力する。URL(BLAST)で表示されるテキストボックスに検索したい配列を入力し、下に表示されるデータベースを選んでSearchボタンを押す。URL(Module)で表示されるチェックボックスの中から、検索したいドメインを選択し、Searchボタンを押す。

キーワード
細菌 | 二次代謝産物 | 生合成遺伝子クラスター
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 30|http://www.bio.nite.go.jp/pks/data_download/view
使っている外部リソース Genbank | Uniprot | NBRC | NCBI Taxonomy | Pubmed
主な対象データ アノテーション 、二次代謝産物
生物種
"Pseudomonas fluorescens | Sorangium cellulosum | Stigmatella aurantiaca | ... More
  • Actinosporangium vitaminophilum ATCC 31673 [Taxonomy_id: 76728]
  • Amycolatopsis mediterranei S699 [Taxonomy_id: 33910]
  • Micromonospora megalomicea subsp. nigra NRRL 3275 [Taxonomy_id: 136926]
  • Mycobacterium ulcerans Agy99 [Taxonomy_id: 362242, マイコバクテリウム・ウルセランス]
  • Nostoc sp. ATCC 53789 [Taxonomy_id: 76335]
  • Pseudomonas fluorescens Pf-5 [Taxonomy_id: 220664, 蛍光菌]
  • Saccharopolyspora spinosa NRRL 18538 [Taxonomy_id: 60894]
  • Sorangium cellulosum So ce26 [Taxonomy_id: 56, 粘液細菌]
  • Sorangium cellulosum So ce90 [Taxonomy_id: 56, 粘液細菌]
  • Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 [Taxonomy_id: 378806, スチグマテラ・オーランチアカ]
  • Stigmatella aurantiaca Sga15 [Taxonomy_id: 41, スチグマテラ・オーランチアカ]
  • Streptomyces achromogenes var. rubradiris NRRL3061 [Taxonomy_id: 285531]
  • Streptomyces antibioticus ATCC 11891 [Taxonomy_id: 1890, ストレプトマイセス・アンチビオチクス]
  • Streptomyces antibioticus DSM 40725 [Taxonomy_id: 1890, ストレプトマイセス・アンチビオチクス]
  • Streptomyces antibioticus NRRL 8167 [Taxonomy_id: 1890, ストレプトマイセス・アンチビオチクス]
  • Streptomyces aureofaciens T?117 [Taxonomy_id: 1894, ストレプトマイセス・オーレオファシエンス]
  • Streptomyces avermitilis ATCC 31267 [Taxonomy_id: 33903]
  • Streptomyces bikiniensis NRRL 2737 [Taxonomy_id: 1896]
  • Streptomyces caelestis NRRL 2821 [Taxonomy_id: 36816]
  • Streptomyces cinnamonensis ATCC 15413 [Taxonomy_id: 1900]
  • Streptomyces coelicolor A3 [Taxonomy_id: 100226, ストレプトマイセス・セリカラー]
  • Streptomyces collinus T?365 [Taxonomy_id: 42684]
  • Streptomyces cyanogenus S136 [Taxonomy_id: 80860]
  • Streptomyces diastaticus 108 [Taxonomy_id: 1956]
  • Streptomyces fradiae T?2717 [Taxonomy_id: 1906]
  • Streptomyces griseoflavus G? 3592 [Taxonomy_id: 35619]
  • Streptomyces griseoruber ATCC 15422 [Taxonomy_id: 1943]
  • Streptomyces griseus K-63 [Taxonomy_id: 1911, ストレプトマイセス・グリセウス]
  • Streptomyces halstedii HC34 [Taxonomy_id: 1944]
  • Streptomyces hygroscopicus AM 3672 [Taxonomy_id: 1912]
  • Streptomyces hygroscopicus NRRL 5491 [Taxonomy_id: 1912]
  • Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus ATCC 14891 [Taxonomy_id: 132248]
  • Streptomyces lasaliensis ATCC 31180 [Taxonomy_id: 324833]
  • Streptomyces lydicus NRRL 2433 [Taxonomy_id: 47763]
  • Streptomyces nanchangensis NS3226 [Taxonomy_id: 204925]
  • Streptomyces natalensis ATCC 27448 [Taxonomy_id: 68242]
  • Streptomyces neyagawaensis ATCC 27749 [Taxonomy_id: 42238]
  • Streptomyces nodosus ATCC 14899 [Taxonomy_id: 40318]
  • Streptomyces noursei ATCC 11455 [Taxonomy_id: 316284, ストレプトマイセス・ノウルセイ]
  • Streptomyces parvulus T?4055 [Taxonomy_id: 146923]
  • Streptomyces platensis Mer-11107 [Taxonomy_id: 58346]
  • Streptomyces roseofulvus AK24158 [Taxonomy_id: 33902]
  • Streptomyces sp. AM-7161 [Taxonomy_id: 221710]
  • Streptomyces sp. CK4412 [Taxonomy_id: 404220]
  • Streptomyces sp. CM020 [Taxonomy_id: 569580]
  • Streptomyces sp. FR-008 [Taxonomy_id: 206662]
  • Streptomyces sp. HK803 [Taxonomy_id: 244967]
  • Streptomyces sp. NRRL 11266 [Taxonomy_id: 299254]
  • Streptomyces sp. R1128 [Taxonomy_id: 140437]
  • Streptomyces sp. SCC-2136 [Taxonomy_id: 264024]
  • Streptomyces spiroverticillatus [Taxonomy_id: 673666]
  • Streptomyces thioluteus HKI-227 [Taxonomy_id: 66431]
  • Streptomyces venezuelae ATCC 15439 [Taxonomy_id: 54571]
  • Streptomyces venezuelae ISP5230 [Taxonomy_id: 54571]
  • Streptomyces violaceoruber T?22 [Taxonomy_id: 1935]
  • Streptomyces violaceusniger [Taxonomy_id: 68280, ストレプトマイセス・バイオラセウスニガー]
  • Streptomyces violaceusniger DSM 4137 [Taxonomy_id: 68280]
  • Streptomyces virginiae MAFF11-0615 [Taxonomy_id: 1961]
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利用条件 クリエイディブコモンズ 表示-改変禁止
データ更新頻度 (過去2年間) 2回/1年
最終更新日(調査日) 2015/04/02 (2018/04/17)
利用できるID
CDS ID
IDを使った成果物の利用方法 http://www.bio.nite.go.jp/pks/feature/view/[CDS ID]
外部リンク

Genbank | Uniprot | NBRC | NCBI Taxonomy | Pubmed

論文等(PubMed ID)

pmid:23185043