成果物名 DOGAN
成果物の別名 Database of Genome Analyzed at NITE
成果物に関する説明

NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。

成果物のタイプ DB
運用機関 製品評価技術基盤機構 化学物質管理センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top
インターフェイス GUI
入力例

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キーワード
"Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 (酢酸菌) | Acidiphilium multivorum AIU301 (好酸性、金属耐性) | Aeropyrum pernix K1 (好熱古細菌) | ... More
  • Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 (酢酸菌)
  • Acidiphilium multivorum AIU301 (好酸性、金属耐性)
  • Aeropyrum pernix K1 (好熱古細菌)
  • Anaerolinea thermophila UNI-1 (高温排水処理リアクター)
  • Aspergillus oryzae RIB40 (麹菌)
  • Brevibacillus brevis NBRC 100599 (タンパク質生産宿主)
  • Caldisericum exile AZM16c01 (新門カルディセリカ門)
  • Corynebacterium efficiens YS-314 (アミノ酸生産)
  • Deferribacter desulfuricans SSM1 (深海熱水噴出孔)
  • Desulfovibrio magneticus RS-1 (磁性粒子合成菌)
  • Gemmatimonas aurantiaca T-27 (新門ジェマティモナデテス門)
  • Kitasatospora setae KM-6054 (抗生物質生産)
  • Kocuria rhizophila DC2201 (有機溶媒耐性)
  • Methanocella paludicola SANAE (メタン生成古細菌)
  • Microlunatus phosphovorus NM-1 (ポリリン酸蓄積菌)
  • Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 (シジミ消化管)
  • Pyrococcus horikoshii OT3 (好熱古細菌)
  • Rhodococcus erythropolis PR4 (有機溶媒耐性)
  • Rhodococcus opacus B4 (有機溶媒耐性)
  • Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 (清酒酵母)
  • Sphingobium japonicum UT26S (ヘキサクロロシクロヘキサン分解)
  • Sphingobium sp. SYK-6 (リグニン分解)
  • Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (黄色ブドウ球菌(メチシリン耐性))
  • Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
  • Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 (ブドウ球菌(日和見感染菌))
  • Streptomyces avermitilis MA-4680 (抗生物質生産)
  • Sulfolobus tokodaii strain 7 (好熱古細菌)
  • Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 (耐塩性乳酸菌)
"
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 87|http://www.bio.nite.go.jp/dogan/data_download/view
使っている外部リソース PubMed | UniProt | InterPro | KEGG
主な対象データ DNA-配列 、プロテオーム
生物種
"Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 | Acidiphilium multivorum AIU301 | Aeropyrum pernix K1 | ... More
  • Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 [Taxonomy_id: 634457]
  • Acidiphilium multivorum AIU301 [Taxonomy_id: 926570]
  • Aeropyrum pernix K1 [Taxonomy_id: 272557, アエロパイラム・ペルニクス]
  • Anaerolinea thermophila UNI-1 [Taxonomy_id: 926569]
  • Arthrospira platensis NIES-39 [Taxonomy_id: 696747]
  • Aspergillus oryzae RIB40 [Taxonomy_id: 510516, コウジカビ]
  • Brevibacillus brevis NBRC 100599 [Taxonomy_id: 358681]
  • Caldisericum exile AZM16c01 [Taxonomy_id: 511051]
  • Corynebacterium efficiens YS-314 [Taxonomy_id: 196164]
  • Deferribacter desulfuricans SSM1 [Taxonomy_id: 639282]
  • Desulfovibrio magneticus RS-1 [Taxonomy_id: 573370]
  • Gemmatimonas aurantiaca T-27 [Taxonomy_id: 379066]
  • Kitasatospora setae [Taxonomy_id: 2066]
  • Kocuria rhizophila DC2201 [Taxonomy_id: 378753]
  • Methanocella paludicola SANAE [Taxonomy_id: 304371]
  • Microlunatus phosphovorus NM-1 [Taxonomy_id: 1032480]
  • Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 [Taxonomy_id: 693746]
  • Pyrococcus horikoshii OT3 [Taxonomy_id: 70601, パイロコッカス・ホリコシイ]
  • Rhodococcus erythropolis PR4 [Taxonomy_id: 234621]
  • Rhodococcus opacus B4 [Taxonomy_id: 632772]
  • Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 [Taxonomy_id: 721032, 出芽酵母]
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 [Taxonomy_id: 718274, サルモネラ菌]
  • Sphingobium japonicum UT26S [Taxonomy_id: 452662]
  • Sphingobium sp. SYK-6 [Taxonomy_id: 627192]
  • Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 [Taxonomy_id: 196620, 黄色ブドウ球菌]
  • Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 [Taxonomy_id: 158879, 黄色ブドウ球菌]
  • Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 [Taxonomy_id: 279808, スタフィロコッカス・ヘモリチカス]
  • Streptomyces avermitilis MA-4680 [Taxonomy_id: 227882]
  • Sulfolobus tokodaii str. 7 [Taxonomy_id: 273063]
  • Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 [Taxonomy_id: 945021]
"
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 12
最終更新日(調査日) 2015/04/02 (2018/04/17)
利用できるID
ORF_ID | NF_ID
IDを使った成果物の利用方法 http://www.bio.nite.go.jp/dogan/feature/view/[ORF_ID]
外部リンク

"UniProt (http://www.uniprot.org/), HAMAP(http://www.expasy.org/sprot/hamap/), InterPro(http://www.ebi.ac.uk/interpro/), Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/), PROSITE(http://ca.expasy.org/prosite/), TIGRFAMs(http://www.jcvi.org/cms/research/projects/tigrfams/overview/), COG(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/), MEROPS(http://merops.sanger.ac.uk/), TCDB(http://www.tcdb.org/), KEGG(http://www.genome.jp/kegg/), DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/), NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/), GOLD(http://www.genomesonline.org/), Genome project of Streptomyces avermitilis(http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp)"

論文等(PubMed ID)

なし