成果物名 H-InvDB
成果物の別名 H-Invitational database
成果物に関する説明

H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp
インターフェイス GUI | FTP | SOAP web service | REST web service
入力例

トップ画面の右上部にあるテキストボックスに「kinase」などのキーワードを入力し、右側にある「GO」ボタンをクリックしてください。

キーワード
cDNA | アノテーション | 統合
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 2628.656|FTP:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/mirror_database/hinv/ またはHTTP:http://www.h-invitational.jp/hinv/dataset/download_jp.cgiからファイルダウンロード
使っている外部リソース CHGC | DKFZ/MIPS | IMSUT | KDRI | MGC/NCI | BIND | BodyMap | CCDS | dbSNP | DDBJ/EMBL/GenBank | DIP | Ensembl | EntrezGene | fRNAdb | GenAtlas | Gene ontology (GO) | GeneCards | GGDB | GTOP | HGNC | H-GOLD (GDBS) | HPRD | IntAct | InterPro | KEGG | LIFEdb | LSBM | MGI | MINT | Mutation view | NC-IUBMB (EC) | OMIM | PubMed | RefSeq | UCSC | UniGene | UniProt
主な対象データ "RNA ヒト完全長cDNA, mRNA"
生物種
"Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]"
利用条件 表示-継承アカウント不要
データ更新頻度 (過去2年間) 6
最終更新日(調査日) 2013/07/29 (2013/07/30)
利用できるID
H-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv protein ID (HIP) | H-Inv family ID (HIF)
IDを使った成果物の利用方法 http://www.h-invitational.jp/hinv/spsoup/locus_view?hix_id=[HIX]
外部リンク

CHGC (http://www.chgc.sh.cn/en/) | DKFZ/MIPS (http://www.dkfz.de/) | IMSUT (http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/en/) | KDRI (http://www.kazusa.or.jp/e/) | MGC/NCI (http://mgc.nci.nih.gov/) | BIND (http://bond.unleashedinformatics.com/) | BodyMap (http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/) | CCDS (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=CCDS&DATA=CCDS4091) | dbSNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?searchType=adhoc_search&type=rs&rs=rs35752268) | DDBJ (http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/search/get_entry?accnumber=BC053657) | DIP (http://dip.doe-mbi.ucla.edu) | Ensembl (http://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?g=ENSG00000113532;r=5:100145357-100238970;t=ENST00000231461) | EntrezGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=Graphics&list_uids=7903) | fRNAdb (http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/frnadb_summary) | GenAtlas | Gene ontology (GO) (http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0008373) | GeneCards (http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ST8SIA4) | GGDB (http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/Homolog?cat=symbol&symbol=ST8SIA4) | GTOP (http://sybock.genes.nig.ac.jp/~hinv7/cgi-bin/mas.pl.cgi?org=hinv7&id=HIT000044689) | HGNC (http://www.genenames.org/data/hgnc_data.php?match=ST8SIA4) | H-GOLD (GDBS) (http://hinv.jp/gdbs/viewer/Viewer?ch=5&fr=100145359&to=100238970&gv=new&md=1) | HGPD (http://riodb.ibase.aist.go.jp/hgpd/cgi-bin/pg_locus_list.cgi?txt_srch_cdna_name=FLJ82330) | HPRD (http://www.hprd.org/) | IntAct (http://www.ebi.ac.uk/intact/main.xhtml) | InterPro (http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR012163) | KEGG (http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa+7903) | LIFEdb (http://www.lifedb.de/lifedb/) | MGI (http://www.informatics.jax.org/searchtool/Search.do?query=mgi:106018) | MINT (http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do) | Mutation view (http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/MutationView/jsp/mutview/java/geneWin.jsp?omimId=) | NC-IUBMB (EC) | OMIM (http://omim.org/entry/601888) | PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7624364?dopt=Abstract) | RefSeq (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/NM_175052) | UCSC (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?org=Human&position=chr5:100142639-100238987&db=) | UniGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unigene) | UniProt (http://www.uniprot.org/uniprot/Q92187)

論文等(PubMed ID)

pmid:23245335 | pmid:23197657 | pmid:19933760 | pmid:18089548 | pmid:15103394 | 山崎 千里、今西 規:ヒト遺伝子アノテーションの統合データベース ゲノム医学, 14(4), 83-90, 2004-8