データベース

GenoBase

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成果物名GenoBase
成果物の別名GenoBase
成果物に関する説明GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
成果物のタイプDB
運用機関奈良先端科学技術大学院大学 | パデュー大学
機関所在国日本
サイトURLhttps://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/genobase-v6/desc.html
インターフェイスGUI
入力例[by keyword]JW No、ECK No、gene id、遺伝子名または 生物学的キーワードを入力して"Search"ボタンを押す。[by homology]DNA配列またはアミノ酸配列をテキストエリアに入力、相同性検索プログラムを選択して"Search"ボタンを押す。[CategoricalSearch]"ORF"、"RNA"、"Transcription"の各カテゴリーについて、DNA SIZE(bp)、Genomic region(bp)、Genomic region(min) のいずれかを選択し、ゲノム範囲を入力、"Search"ボタンを押す。[clip sequence]ゲノム位置を指定、またはDNA配列をテキストエリアに入力し、Convert(Clip/Convert)ボタンを押す。
キーワードEscherichia coli K-12 (W3110) | Escherichia coli K-12 (MG1655)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法20 (ゲノムデータ)|NA
使っている外部リソースなし
主な対象データアノテーション
生物種"Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 [Taxonomy_id: 511145, 大腸菌] | Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 [Taxonomy_id: 316407, 大腸菌]"
利用条件表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間)1回/1年
最終更新日(調査日)2009/01/00 (2019/07/02) 運用終了、アーカイブ化
利用できるIDJW | ECK
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)pmid:16738554
稼働状況アーカイブ化