成果物名 miRRim
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

miRRimは隠れマルコフモデル(HMM)をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。(オリジナルサイトから翻訳)

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL 運用終了
インターフェイス "CUI(Charactor User Interface, またはコマンドライン)"
入力

出力

入力例

perl ./miRRim.pl example/chr9_94011601_94111600_+.dat

キーワード
HMMs | miRNA
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 なし
使っている外部リソース なし
主な対象データ RNA  (miRNA)
生物種
全生物種
利用条件 -
データ更新頻度 (過去2年間) 2
最終更新日(調査日) 2010/04/23 (2010/05/10)
利用できるID
-
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

-

論文等(PubMed ID)

pmid:17959929