成果物名 RactIP
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

整数計画を使ったRNA-RNA相互作用の高速かつ精度のよい予測を行うツールです。バージョン0.0.1と0.0.2のソースコード、Windows用、Linux用が準備されています。

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://rtips.dna.bio.keio.ac.jp/ractip/
インターフェイス CUI
入力

塩基配列(FASTAフォーマット)

出力

塩基の相互作用予測(テキスト)

入力例

ractip [options] input_seq1(FASTA format) input_seq2(FASTA format)

キーワード
整数計画アプローチ | RNA相互作用
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 - (C++ source code)|https://github.com/satoken/ractip からファイルダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ RNA RNA-RNA インタラクション
生物種
全生物種
利用条件 GPL
データ更新頻度 (過去2年間) 2回/1年
最終更新日(調査日) 2010/04/19 (2011/01/12)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

N/A

論文等(PubMed ID)

pmid:20823308