成果物名 SAMURAI
成果物の別名 System for Assembling Modules by Ultra Rapid Algorithm on Itemsets
成果物に関する説明

広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。移転のため休止。 (2012/11/05 確認)

成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://samurai.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi
インターフェイス GUI
入力

出力

入力例

データベースを選択し、クエリーを検索テキストボックスに入力し、Evaluationを選択し、パラメーターを設定して[Extract Module]を押します。

キーワード
Index Terms?biclustering | closed itemset | gene expression module | LCM (Linear time Closed itemset Miner)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 "1,707|http://samurai.cbrc.jp/download/からソフトウエアをダウンロード"
使っている外部リソース KEGG | GO | NCBI
主な対象データ 遺伝子発現
生物種
全生物種
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 5
最終更新日(調査日) 2008/08/21 (2012/11/05)
利用できるID
UniGene ID
IDを使った成果物の利用方法 調査中
外部リンク

NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene)

論文等(PubMed ID)

Yoshifumi Okada and Wataru Fujibuchi, "Mining a Large-scale Microarray Database for Similar Gene Expression Modules to Find Distant Relationships between Down Syndrome and Huntington's Disease", CAMDA 2007, Valensia, Spain, 2007 | Yoshifumi Okada, Kosaku Okubo, Paul Horton and Wataru Fujibuchi, "Exhaustive Search Method of Gene Expression Modules and Its Application to Human Tissue Data", IAENG International Journal of Computer Science, Vol. 34 Issue 1, pp.119-126, 2007 | Yoshifumi Okada, Wataru Fujibuchi and Paul Horton, "A biclustering method for gene expression module discovery using closed itemset enumeration algorithm", IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol. 48 no. SIG 5(TBIO2), pp.39-48, 2007.