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ツール便覧
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蛋白質 ( 10/24件 )
ALN
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要約 | Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳) |
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| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
ALNGG
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要約 | ２生物間のゲノム比較によってタンパクコード遺伝子を検出します。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、ゲノム |
ASIAN
[ 公式 サイト ]
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要約 | ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 プロファイル |
CoCoozo
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要約 | CoCoozoはペプチド・タンデム質量分析向け並列高速サーチエンジンです。ピーク強度のパターンに相当するタンパク質配列を同定するために、MSスペクトルデータをクエリーとしてタンパク質配列データベースに対して高速な検索を行います。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 |
DPClus
[ 公式 サイト ]
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要約 | DPClusは主に分子生物学的機能ネットワークにおけるタンパク質相互作用が密な部分をクラスターとして抽出・表示することが出来るソフトウェアです。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-機能 |
FORTE
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要約 | FORTEは、タンパク質構造類似性検索のためのプロファイル-プロファイル比較ツールです。ユーザーは、問い合わせタンパク質のアミノ酸配列を用いて、既知立体構造との類似性検索を行うことが可能です。検索結果は、ペアワイズアラインメントの形式で表示されます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
GPCRs Interaction Partners
[ 公式 サイト ]
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要約 | GRIPはGPCR多量体化インターフェイスを予測するウェブアプリケーションツールです。このツールではSCDで予測されたインタフェースを提供し、その提供されたインタフェースはJmolを利用して対話的に表示する事ができます。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | 相互作用 GPCR |
HEAT
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要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
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| 主な対象データ | アノテーション |
HomeoRoq
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要約 | HomeoRoqはA. halleri subsp. gemmiferaとA. lyrata subsp. petraeaのゲノム配列を読み込み、異質多倍数体におけるホモログの発現のレベルを評価できる。これらのホモログ固有の発現の違いの統計的有意性を検出する。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸配列 |
MitoFates
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要約 | MitoFatesはミトコンドリアプレ配列、N末端にあるミトコンドリア局在シグナル及びその切断部位を予測するツールです。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸配列 |