myPresto
| 要約 | myPrestoは、国等から委託を受けて実施した「生体高分子立体構造情報解析」等のプロジェクトの中で開発した分子シミュレーションを構成するプログラム群等です。 myPrestoは、医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーション計算のプログラム群であり、化合物の二次元構造を三次元構造に変換し、タンパク質等のモデリング、タンパク質-薬物ドッキング、in silicoスクリーニング等を従来に比べて短時間で高精度・高能率に行うことができます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
PMID-Extractor
| 要約 | ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。 |
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| 主な対象データ | 文献 |
POODLE
| 要約 | POODLEは、アミノ酸配列から機械学習法を用いて、タンパク質のディスオーダー（立体構造を形成しない）領域を予測するプログラム群です。POODLEは、短いディスオーダー領域用（S)、長いディスオーダー領域用(L)と配列全体用(W)の3種類があります。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸特性 |
PRRN
| 要約 | PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。 |
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| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
SlideSort
| 要約 | 編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 タンパク質-配列 |
SPALN
| 要約 | SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
TACT
| 要約 | Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
tantan
| 要約 | tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。２つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、RNA、 アミノ酸 |