TMBETA-NET
| 要約 | TMBETA-NETはβシート型膜タンパク質を構造特徴量を考慮するとともにニューラルネットを応用して、 配列から判別するシステムです。[出典]産総研 事業報告書（平成16年度）http://unit.aist.go.jp/plan/enterprise-report/h16enterprise-report.pdf |
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| 主な対象データ | タンパク質-モチーフ |
WoLF PSORT
| 要約 | WoLF PSORTは1) アミノ酸から蛋白質の細胞内局在予測2) 蛋白質の細胞内局在化アノテーションを提供しています。1)は任意のアミノ酸配列に対してできる。2)はuniprotと文献情報を整理した情報です。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 真核生物の核ゲノムにコードされている蛋白質 |
タンパク質超二次構造のデータマイニング解析
| 要約 | タンパク質の二次構造の帰属にDSSP法（Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637）が標準的手法として広く用いられています。しかしながら、DSSP法はコード化手法としてはloopもしくはirregularに対応する、符号化されないアミノ酸残基のブランクがかなりの頻度で存在するため、データマイニングの用途には適していませんでした。当研究グループで開発したDCCP法（Dictionary of Conformational Code in Proteins）は、タンパク質X線結晶構造データの3D情報を1D情報に変換することで、そのコンフォメーションをαへリックス型パターン h、βシート型パターン s、その他の型のパターン o の３種類の符号のみで記述することができます。特に、複雑な構造を持ったloopのような超二次構造のデータマイニングに有効で、構造は似ていながらアミノ酸配列が大きく異なるタンパク質の多型解析に役立ちます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質立体構造 |
更新検知ツール
| 要約 | 予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。 |
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| 主な対象データ | Webページ |