成果物名 H-DBAS
成果物の別名 ヒトの選択的スプライシングデータベース
成果物に関する説明

H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの(代表選択的スプライシングバリアント;RASV)が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.h-invitational.jp/h-dbas/
インターフェイス GUI
入力例

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キーワード
選択的スプライシング | 比較ゲノム | RNA-Seq
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 3000|http://www.h-invitational.jp/h-dbas/download.jsp
使っている外部リソース H-InvDB | DDBJ | Refseq | Ensembl | UCSC | FANTOM3 | MGC | dbSNP
主な対象データ ヒト・マウス完全長cDNA、ヒト・マウスmRNA、ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌRNA
生物種
"Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ... More
  • Canis lupus familiaris [Taxonomy_id: 9615, ハイイロオオカミ]
  • Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]
  • Macaca mulatta [Taxonomy_id: 9544, アカゲザル]
  • Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス]
  • Pan troglodytes [Taxonomy_id: 9598, チンパンジー]
  • Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット]
"
利用条件 表示-継承アカウント不要
データ更新頻度 (過去2年間) 4回以上/1年
最終更新日(調査日) 2011/12/26 (2011/12/27)
利用できるID
H-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv cluster ID (HIX) | Accession Number | HUGO gene symbol | GeneID | OMIM ID | EC number
IDを使った成果物の利用方法 http://www.h-invitational.jp/h-dbas/locusOverview.do?dbname=human_flcdna(or human_mrna)&hix=[HIX]
外部リンク

調査中

論文等(PubMed ID)

pmid:19969536 | pmid:17130147 | 武田淳一、今西規、五條堀孝、鈴木穣、菅野純夫:バイオデータベースとソフトウェア最前線 実験医学増刊, 26(7),1056-1061, 2008