成果物名 Recount DB
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL 運用終了
インターフェイス GUI
入力例

サイト中段にあるテキストボックスに”SRX012261”を入力して、[Search]ボタンを押す。

キーワード
SRA | RECOUNT | LAST | TSS-Seq | RNA-Seq | MESH
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 52046|NA
使っている外部リソース NCBI | BIONET | ENSEMBL | UCSC | CANADIANGENOME | JGI | JCVI | SANGER | PLANTDB | TIGR | WASHINGTON UNIVERSITY GENOME CENTER | TOXODB
主な対象データ RNA
生物種
"Aplysia californica | Acyrthosiphon pisum | Arabidopsis lyrata | ... More
  • Acyrthosiphon pisum [Taxonomy_id: 7029, エンドウヒゲナガアブラムシ]
  • Aplysia californica [Taxonomy_id: 6500, ジャンボアメフラシ]
  • Arabidopsis lyrata [Taxonomy_id: 59689]
  • Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ]
  • Bacillus anthracis [Taxonomy_id: 1392, 炭疽菌]
  • Bombyx mori [Taxonomy_id: 7091, カイコ]
  • Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ]
  • Brachypodium distachyon [Taxonomy_id: 15368]
  • Caenorhabditis elegans [Taxonomy_id: 6239, 線虫]
  • Candida albicans [Taxonomy_id: 5476, カンジダ・アルビカンス]
  • Cryptosporidium parvum [Taxonomy_id: 5807, クリプトスポリジウム・パルバム]
  • Dictyostelium discoideum [Taxonomy_id: 44689, キイロタマホコリカビ]
  • Dictyostelium purpureum [Taxonomy_id: 5786]
  • Drosophila melanogaster [Taxonomy_id: 7227, キイロショウジョウバエ]
  • Drosophila pseudoobscura [Taxonomy_id: 7237, ウスグロショウジョウバエ]
  • Drosophila simulans [Taxonomy_id: 7240, オナジショウジョウバエ]
  • Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ]
  • Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]
  • Listeria monocytogenes [Taxonomy_id: 1639, リステリア菌]
  • Macaca mulatta [Taxonomy_id: 9544, アカゲザル]
  • Medicago truncatula [Taxonomy_id: 3880, タルウマゴヤシ]
  • Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス]
  • Nematostella vectensis [Taxonomy_id: 45351]
  • Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ]
  • Pan troglodytes [Taxonomy_id: 9598, チンパンジー]
  • Plasmodium berghei [Taxonomy_id: 5821, プラスモディウム・ベルゲイ]
  • Plasmodium falciparum [Taxonomy_id: 5833, 熱帯熱マラリア原虫]
  • Plasmodium yoelii [Taxonomy_id: 5861, プラスモディウム・ヨエリ]
  • Prunus persica [Taxonomy_id: 3760, モモ]
  • Saccharomyces cerevisiae [Taxonomy_id: 4932, 出芽酵母]
  • Schmidtea mediterranea [Taxonomy_id: 79327]
  • Sus scrofa [Taxonomy_id: 9823, イノシシ]
  • Toxoplasma gondii [Taxonomy_id: 5811, トキソプラズマ原虫]
  • Trichoplax adhaerens [Taxonomy_id: 10228]
  • Triticum aestivum [Taxonomy_id: 4565, コムギ]
  • Zea mays [Taxonomy_id: 4577, トウモロコシ]
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利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 0
最終更新日(調査日) 2011/12/28 (2013/09/19)
利用できるID
なし
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

NCBI SRA(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)

論文等(PubMed ID)

pmid:22139942