| 成果物名 | RNAapt3D |
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| 成果物の別名 | RNA aptamer 3D-structural modeling database |
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| 成果物に関する説明 | RNAapt3Dは、RNA配列、その二次・三次構造情報、RNAアプタマーの標的タンパク質、RNA-タンパク質相互作用のネットワークを含むRNAアプタマーのデータベースです。三次構造は、モデル化ツール、RASCAL、および分子動力学シミュレーションを使用して、さまざまな二次構造を考慮して、与えられた RNA シーケンスによって予測されます。このデータベースは、三次構造解析、塩基フリップ位置によるモチーフ検索、および RNA タンパク質複合体分子シミュレーションによる出発点に関する洞察を提供するために使用できます。このデータベースは、標的分子に対する RNA アプタマーの設計に関する研究を容易にし、候補選択の効率と生産性を向上させます。 |
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| 成果物のタイプ | DB |
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| 運用機関 | 産業技術総合研究所 |
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| 機関所在国 | 日本 |
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| サイトURL | https://rnaapt3d.medals.jp/ |
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| インターフェイス | GUI |
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| 入力例 | RNA apt3D データベースで RNA 配列を検索できます。上部の「検索」をクリックします。 Motif Search に RNA 配列を入力します。入力配列は大文字でも小文字でもかまいません。 「Sample」ボタンをクリックすると、サンプルシーケンスが入力されます。 「検索」ボタンをクリックすると、モチーフの検索に数十秒かかります。特定の RNA 配列を含むいくつかのエントリと、これらのエントリの予測される塩基反転位置が表示されます。ダウンロードアイコンをクリックすると、検索結果をダウンロードできます。 |
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| キーワード | RNAアプタマー | 医薬品 |
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| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 0.0|なし |
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| 使っている外部リソース | なし |
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| 主な対象データ | RNA 立体構造 |
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| 生物種 | なし |
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| 利用条件 | なし |
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| データ更新頻度 (過去2年間) | 随時 |
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| 最終更新日（調査日） | 2022/09/22(2022/11/16) |
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| 利用できるID | Medals oligonucleic drug ID |
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| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
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| 外部リンク | なし |
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| 論文等（PubMed ID） | PMID:36146935 |
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| 稼働状況 | 稼働中 |
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