成果物名 FragmentAlign
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

GC-MS分析による検出ピークを、溶出時間およびピークのMSフラグメントパターンの類似性を用いてアラインメントし、その結果をGUIで編集できるJavaソフトウェア。数十件のNIST形式およびMassBaseのMSTフォーマットのデータファイルを読み込んでアライメント処理することができる。編集機能としてはピークグループへのピークの追加と削除、ピークグループの追加と削除、ピークやピークグループのマージ、などが可能である。MSフラグメントのデータライブラリーに対して検索することで、ピークの化合物名の同定や推定(アノテーション)を行うことができる。データライブラリーはユーザが個別に追加、編集することができる。処理結果はタブテキスト形式で出力され、Excel等で開いて比較および統計的解析処理を行うことができる。旧バージョン(Metabolometrisc)もダウンロード可能である。

成果物のタイプ Tool
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://www.kazusa.or.jp/komics/ja/tool-ja/16-fragmentalign.html
インターフェイス GUI
入力

マススペクトルのピークデータ(FAフォーマット)

出力

入力例

Open Projectでホームディレクトリを決定し、Import Other DataでNIST形式およびMassBase MSTフォーマットのデータファイルを変換したあと、Peak Alignmentボタンをおして表示された画面でファイルを読み込み、Alignボタンを押すとアライメント処理が行われ、結果を閲覧できる。アライメント結果はFileメニューでセーブできる。

キーワード
gas chromatography | mass spectrometory | principal component analysis
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 1.82|http://www.kazusa.or.jp/komics/images/komics/tool/FragmentAlign/FragmentAlign_1.18.0.zipをダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ 代謝産物 、マススペクトル
生物種
全生物種
利用条件 本ソフトウェアはアカデミックフリーです。商用利用は認めておりません。
データ更新頻度 (過去2年間) 1回/年
最終更新日(調査日) 2012/05/24 (2012/07/26)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

N/A

論文等(PubMed ID)

Ara T, Sakurai N, Tange Y, Morishita Y, Suzuki H, Koh A, Saito K and Shibata D (2009) Improvement of the quantitative differential metabolome pipeline for gas chromatography-mass spectrometry data by automated reliable peak selection. Plant Biotechnology, 26, 445-449