成果物名 KaPPA-View4 KEGG
成果物の別名 The Kazusa Plant Pathway Viewer4 KEGG
成果物に関する説明

"KaPPA-View4は,代謝制御を深く理解したり、公共で利用できる各オミクスデータから仮説を立てる事に焦点を当てた代謝経路データベースです。KaPPA-View4 KEGGはKaPPA-View4バージョンの一つであり、KEGGの経路マップデータを格納している。また、このデータには動物、植物、微生物の情報が含まれている。KEGG BRITEの「Genes and Proteins」から生成した遺伝子ファミリーマップも利用できます。(出典:オリジナルサイトより)"

成果物のタイプ Tool
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4-kegg/
インターフェイス GUI
入力

マイクロアレイデータ(テキスト(CSV))

出力

パスウェイマッピング

入力例

[Enter]ボタンを押して、メインメニューを表示する。上段の[MapView]メニューをクリックする。プルダウンメニューから生物種を選択して代謝経路マップやカテゴリーをクリックする。

キーワード
トランスクリプトーム | 代謝産物蓄積 | メタボローム | オミクス | 植物 | 動物 | 微生物 | 代謝経路
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 調査中|http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4-kegg/download/index.action からファイルダウンロード
使っている外部リソース KEGG (http://www.genome.jp/kegg/)
主な対象データ 代謝産物 パスウェイ
生物種
全生物種
利用条件 アカウント必要(営利目的の場合はKEGGに問い合わせください)
データ更新頻度 (過去2年間) 3回/1年
最終更新日(調査日) 2013/03/04 (2013/03/07)
利用できるID
mapID | mapNumber
IDを使った成果物の利用方法 http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4-kegg/mapView/index.action?mapId=[mapID]&mapNumber=[mapNumber]
外部リンク

KEGG (http://www.genome.jp/kegg/)

論文等(PubMed ID)

pmid:16010003 | Sakurai N and Shibata D (2006) KaPPA-View for integrating quantitative transcriptomic and metabolomic data on plant metabolic pathway maps. J Pesticide Science, 31, 293-295 | Tokimatsu T, Sakurai N, Suzuki H and Shibata D (2006) KaPPA-View: A tool for Integrating Transcriptomic and Metabolomic Data on Plant Metabolic Pathway Maps. In Saito K, Dixon RA and Willmitzer L eds, Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol. 57, pp. 155-163, Springer-Verlag, Berlin Heidelberg | Ogata Y, Sakurai N, Provart NJ, Steinhauser D and Krall L (2008) Bioinformatics Tools to Discover Co-Expressed Genes in Plants. In Kahl G and Meksem K eds, The Handbook of Plant Functional Genomics: Concepts and Protocols, pp. 309-335, WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim