ツール

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リンク自動管理システム

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成果物名リンク自動管理システム
成果物の別名Hyperlink Management System
成果物に関する説明リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所　創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://biodb.jp/index.cgi?lang=jp
インターフェイスGUI | CGI
入力ID（テキスト）
出力検索結果（テキスト）
入力例Accession Number "BC053657"を手がかりにしてH-InvDB (Transcript view)へリンクする場合の例： http://biodb.jp/hfs.cgi?id=BC053657&type=ACC_ID&db=TRANSCRIPTVIEW'
キーワードID | リンク | 変換 | ヒト | マウス | ラット | ホヤ | 化合物
ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法未定|準備中
使っている外部リソースH-InvDB | NCBI | GeMDBJ | HUGO | MutationView | H-GOLD | PDBj | UniProt | GGDB | fRNAdb | Ensembl Transcript | Ensembl Gene | Ensembl Protein | NBRC | HGPD | KEGG Gene | KEGG Pathway | HPRD | LEGENDA | Evola | H-DBAS | G-Compass | CIPRO | H-ANGEL | FLJ Human cDNA | VarySysDB | PDBeChem | DrugBank | Wikipedia Human proteins | JSNP | NCBI RefSeq protein | DGV | COXPRESdb | Human Protein ATLAS | Peptide Atlas
主な対象データデータ識別子（ID）
生物種脊椎動物-哺乳類-ヒトマウス | ラット | ホヤ
利用条件表示-継承不要
データ更新頻度 (過去2年間)730
最終更新日（調査日）2013/10/18 (2019/06/03)
利用できるIDAccession Number | CIPRO ID | Clone ID (NBRC) | DGV ID | DrugBank ID | Ensembl Gene ID | Ensembl Protein ID | Ensembl Transcript ID | FLJ ID (NBRC) | GeneID | H-GOLD Marker ID | H-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv protein ID (HIP) | H-Inv transcript ID (HIT) | HPRD ID | HUGO gene symbol | KEGG Gene ID | KEGG Pathway ID | OMIM ID | PDB ID | PdbeChem ID | Peptide Accession | PubMed ID | RefSeq ID | RefSeq Protein ID | UniProt Accession Number | dbSNP rs# (GemDBJ) | fRNAdb ID | ALLELE ID | BRC ID | Clone ID(FANTOM) | MGI Marker Accession ID | Mouse Gene Symbol RGD ID | CAS ID | ChEBI ID | DrugBank ID | HMDB Accession Number | KEGG Compound ID | KEGG Drug ID | KNApSAcK ID | NIKKAJI ID | PDBeChem ID | PharmGKB ID | PubChem Compound ID | PubChem Substance ID
IDを使った成果物の利用方法http://biodb.jp/hfs.cgi?id=[ID]&type=[ID Type]&db=[Database name]
外部リンクH-InvDB (Transcript view) (http://www.h-invitational.jp/hinv/spsoup/transcript_view) | H-InvDB (Locus view) (http://www.h-invitational.jp/hinv/spsoup/locus_view) | H-InvDB (G-integra) (http://www.h-invitational.jp/hinv/g-integra/cgi-bin/f_genemap.cgi) | H-InvDB (PPI view) (http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi) | NCBI RefSeq nucleotide (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi) | NCBI GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore) | NCBI Entrez Gene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez) | NCBI OMIM (http://omim.org/entry) | NCBI PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) | GeMDBJ (https://gemdbj.nibio.go.jp/gv/gv/GVIndex) | HUGO (http://www.genenames.org/data/hgnc_data.php) | MutationView (http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/cgi-bin/mutcgi/mut_login/genewin.exe/mutview3/mutview_a/java/) | H-GOLD (http://www.h-invitational.jp/gdbs/viewer/Viewer) | PDBj (http://pdbjs3.protein.osaka-u.ac.jp/xPSSS/DetailServlet) | UniProt (http://www.uniprot.org/uniprot/) | GGDB (http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/Homolog) | fRNAdb (http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/frnadb_summary) | Ensembl Transcript (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Transcript?t) | Ensembl Gene (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/geneview) | Ensembl Protein (http://www.ensembl.org/id/) | NBRC (http://www.nbrc.nite.go.jp/cgi-bin/hflcdna/e/Sequence_ID_Search.cgi) | HGPD (http://riodb.ibase.aist.go.jp/hgpd/cgi-bin/pg_locus_list.cgi) | KEGG Gene (http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget) | KEGG Pathway (http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway) | HPRD (http://www.hprd.org/summary) | LEGENDA (http://www.h-invitational.jp/legenda/relations-view.htm) | Evola (http://www.h-invitational.jp/evola_main/annotation.cgi) | H-DBAS (http://h-invitational.jp/h-dbas/locusOverview.do) | G-Compass (http://h-invitational.jp/g-compass/cgi-bin/gc_main.cgi) | H-InvDB (Protein View) (http://h-invitational.jp/hinv/protein/protein_view.cgi) | CIPRO (http://cipro.ibio.jp/2.5) | H-ANGEL (http://h-invitational.jp/hinv/h-angel/wge_server.cgi) | FLJ Human cDNA (http://flj.lifesciencedb.jp/v03/cgi/sv_cdna_locus_info.cgi) | VarySysDB (http://www.h-invitational.jp/varygene/gene.htm) | PDBeChem (http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/pdbechem/chemicalCompound/show/) | DrugBank (http://www.drugbank.ca/drugs) | Wikipedia Human proteins (http://en.wikipedia.org/wiki) | JSNP (http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/SnpInfo.cgi) | NCBI RefSeq protein (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/) | DGV (http://projects.tcag.ca/cgi-bin/variation/xview?source=hg19&view=variation&id) | COXPRESdb (http://coxpresdb.jp/data/gene/) | Human Protein ATLAS (http://www.proteinatlas.org/) | Peptide Atlas (https://db.systemsbiology.net/sbeams/cgi/PeptideAtlas/GetPeptide?searchWithinThis=Peptide+Name&searchForThis)
論文等（PubMed ID）pmid:19454601
稼働状況公開中
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