成果物名 CELLPEDIA
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています(出典:オリジナルサイトより)。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://shogoin.stemcellinformatics.org/
インターフェイス GUI
入力例

サイトURL画面左側Examples of Human Normal Cellsの”Endothelial cell”イメージをクリックする。

キーワード
オントロジー
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース NCBI | OBO
主な対象データ 細胞
生物種
"Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]"
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 3回/1年
最終更新日(調査日) 2012/04/25 (2012/11/05)
利用できるID
Cell ID | Image ID | Celltype
IDを使った成果物の利用方法 "http://cellpedia.cbrc.jp/cgi-bin/tissue.cgi?id=[CellI D]&iid=[Image ID]&ctype=[Celltype (nomarlcell=1,stemcell=2,cellline=3)]"
外部リンク

"NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL2987 , http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) | OBO(http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=cell) | SAMURAI(http://samurai.cbrc.jp//cgi-bin/index.cgi?page=1) | CellMontage(http://cellmontage.cbrc.jp/cgi-bin/)"

論文等(PubMed ID)

W. Fujibuchi, L. Kiseleva, T. Taniguchi, and P. Horton, Development of Cell Knowledge Base and Prediction of Cell Types and Characteristics by Gene Expression Profiles, 2005-BIO-2;33-37 SIG Meeting, Information Processing Society of Japan, 2005.