成果物名 GMDB
成果物の別名 糖鎖のタンデム質量分析スペクトルデータベース
成果物に関する説明

結合位置や立体化学の違いによる構造的な複雑さのため、糖鎖の構造解析は容易ではありません。質量分析計はプロテオミクスやメタボロミクスでは不可欠の装置として普及していますが、糖鎖構造解析にも極めて有用であることが認識されつつあります。近年、糖鎖のタンデム質量分析により、位置異性や立体異性を含む詳細な糖鎖構造を解析できることが判ってきました。私たちは、構造が明らかにされた多種の糖鎖を集め糖鎖ライブラリーを構築しています。そして、その糖鎖ライブラリーの各糖鎖について多段階タンデム質量分析スペクトルを取得しています。GMDBはこれらをデータベース化したものであり、スペクトルマッチングによる糖鎖構造の推定に役立てることができます。(オリジナルサイトから)

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/Ms_ResultSearch
インターフェイス GUI
入力例

GMDB内の様々な糖鎖のMSnのスペクトルと検体のスペクトルとを比較することにより、糖鎖構造を推定することができます。GMDBのスペクトル検索には、糖鎖組成から検索する方法と、前駆イオンのm/z値から検索する方法があります。

キーワード
調査中
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 -|なし
使っている外部リソース なし
主な対象データ 糖鎖
生物種
全生物種
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 1
最終更新日(調査日) 0000/00/00 (2009/02/02)
利用できるID
-
IDを使った成果物の利用方法 適用なし
外部リンク

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論文等(PubMed ID)

pmid:16053281