データベース

LfDB

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成果物名LfDB
成果物の別名レクチンフロンティアデータベース
成果物に関する説明レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、蛍光検出を用いた自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-FD、Fig. 1)を用いて取得した各種レクチンとピリジルアミノ化糖鎖間の結合定数を含む定量的相互作用データを格納しています。本方法で取得した相互作用データの精度、信頼性は非常に高いことから、LfDBは今後、広く生物学研究において貴重な情報源になると考えられます。(オリジナルサイトから)
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttps://acgg.asia/lfdb2/
インターフェイスGUI
入力例1: 適当なキーワードを入力してください。あるいは「Lectin family」「Monosaccharide Specificity」、「3D-fold」から適当なカテゴリを選択します。 すべてのレクチンリストを参照するためには、「全件表示」をクリックします。(オリジナルサイトから)
キーワード自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム | レクチン | ピリジルアミノ化糖鎖 | Aspergillus oryzae (麹菌) | Bothrops jararaca (毒ヘビ) | Clostridium botulinum (食中毒菌) | Aspergillus oryzae (麹菌) | Bothrops jararaca (毒ヘビ) | Clostridium botulinum (食中毒菌) | Datura stramonium (薬用植物) | Human herpesvirus 4 (エプスタイン・バーウイルス) | Streptomyces lividans (放線菌)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法-|なし
使っている外部リソースなし
主な対象データ糖鎖  レクチン
生物種"Abrus precatorius | Agaricus bisporus | Agrocybe cylindracea | Abrus precatorius [Taxonomy_id: 3816] | Agaricus bisporus [Taxonomy_id: 5341] | Agrocybe cylindracea [Taxonomy_id: 64608, ヤナギマツタケ] | Aleuria aurantia [Taxonomy_id: 5188, ヒイロチャワンタケ] | Allium sativum [Taxonomy_id: 4682, ニンニク] | Amaranthus caudatus [Taxonomy_id: 3567, センニンコク | ヒモゲイトウ] | Amaranthus cruentus [Taxonomy_id: 117272, スギモリゲイトウ] | Anguilla anguilla [Taxonomy_id: 7936] | Arachis hypogaea [Taxonomy_id: 3818, ピーナッツ] | Artocarpus heterophyllus [Taxonomy_id: 3489] | Arum maculatum [Taxonomy_id: 4458] | Aspergillus kawachii IFO 4308 [Taxonomy_id: 1033177] | Aspergillus oryzae [Taxonomy_id: 5062, コウジカビ] | Balanus roseus [Taxonomy_id: 509123] | Balanus rostratus [Taxonomy_id: 399131, ミネフジツボ] | Bauhinia purpurea [Taxonomy_id: 3806] | Bitis arietans [Taxonomy_id: 8692] | Boletop.htmlsis leucomelas [Taxonomy_id: 178527, クロカワ] | Boletus [Taxonomy_id: 5369] | Bondarzewia mesenterica [Taxonomy_id: 1095465, ミヤマトンビマイ] | Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ] | Bothrops jararaca [Taxonomy_id: 8724, ジャララカ] | Bufo arenarum [Taxonomy_id: 38577, 南アメリカヒキガエル] | Calystegia sepium [Taxonomy_id: 47519, ヒロハヒルガオ] | Canavalia brasiliensis [Taxonomy_id: 61861] | Canavalia ensiformis [Taxonomy_id: 3823] | Capsicum annuum [Taxonomy_id: 4072, トウガラシ] | Caragana arborescens [Taxonomy_id: 20484] | Castanea crenata [Taxonomy_id: 103480, クリ] | Ceratobasidium cornigerum [Taxonomy_id: 5252] | Chlorophyllum molybdites [Taxonomy_id: 34430, オオシロカラカサタケ] | Cicer arietinum [Taxonomy_id: 3827, ヒヨコマメ] | Clostridium botulinum [Taxonomy_id: 1491, ボツリヌス菌] | Colchicum autumnale [Taxonomy_id: 45005, イヌサフラン] | Conger myriaster [Taxonomy_id: 7943, アナゴ | マアナゴ] | Convolvulus arvensis [Taxonomy_id: 4123, セイヨウヒルガオ] | Cortinarius praestans [Taxonomy_id: 222043, ムレオオフウセンタケ] | Cratylia mollis [Taxonomy_id: 252530] | Crotalus atrox [Taxonomy_id: 8730] | Cucumaria echinata [Taxonomy_id: 40245] | Cycas revoluta [Taxonomy_id: 3396, ソテツ] | Cytisus scoparius [Taxonomy_id: 3835, エニシダ] | Datura stramonium [Taxonomy_id: 4076, シロバナヨウシュチョウセンアサガオ] | Dioclea grandiflora [Taxonomy_id: 3837] | Dioscorea batatas [Taxonomy_id: 55575, ダイジョ | ナガイモ] | Diospyros kaki [Taxonomy_id: 35925, カキ] | Dolichos lablab [Taxonomy_id: 35936] | Echis multisquamatus [Taxonomy_id: 93050] | Erythrina caffra [Taxonomy_id: 3842] | Erythrina corallodendron [Taxonomy_id: 3843, サンゴシトウ] | Erythrina crista-galli [Taxonomy_id: 49817, アメリカデイコ] | Erythrina lysistemon [Taxonomy_id: 347910] | Erythrina vespertilio [Taxonomy_id: 1234622] | Escherichia coli [Taxonomy_id: 562, 大腸菌] | Euonymus europaeus [Taxonomy_id: 123417] | Galanthus nivalis [Taxonomy_id: 4670, スノードロップ] | Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ] | Geodia cydonium [Taxonomy_id: 6047] | Giardia intestinalis [Taxonomy_id: 5741, 腸鞭毛虫] | Glycine max [Taxonomy_id: 3847, ダイズ] | Griffonia simplicifolia [Taxonomy_id: 3850] | Haemophilus ducreyi [Taxonomy_id: 730, 軟性下疳菌] | Halichondria okadai [Taxonomy_id: 163232, クロイソカイメン] | Helianthus tuberosus [Taxonomy_id: 4233, イヌキクイモ] | Helicobasidium purpureum [Taxonomy_id: 5574] | Helix aspersa [Taxonomy_id: 6535, プチグリ] | Helix pomatia [Taxonomy_id: 6536] | Hemitripterus americanus [Taxonomy_id: 8094] | Hericium erinaceum [Taxonomy_id: 91752, ヤマブシタケ] | Hippeastrum hybrid cultivar [Taxonomy_id: 679627] | Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト] | Human herpesvirus 4 [Taxonomy_id: 10376, ヒトヘルペスウイルス4型] | Hydra vulgaris [Taxonomy_id: 6087] | Hypnea japonica [Taxonomy_id: 105606, カギイバラノリ] | Hypsizygus marmoreus [Taxonomy_id: 39966] | Laetiporus sulphureus [Taxonomy_id: 5630, アイカワタケ | マスタケ] | Lens culinaris [Taxonomy_id: 3864, レンズマメ] | Limax flavus [Taxonomy_id: 36461, キイロナメクジ | コウラナメクジ] | Limulus polyphemus [Taxonomy_id: 6850, アメリカカブトガニ] | Lotus tetragonolobus [Taxonomy_id: 3868] | Lumbricus terrestris [Taxonomy_id: 6398, ミミズ] | Lycoris traubii [Taxonomy_id: 82237, ショウキズイセン] | Maackia amurensis [Taxonomy_id: 37501, イヌエンジュ] | Maclura pomifera [Taxonomy_id: 3496] | Macrotyloma uniflorum [Taxonomy_id: 271171] | Momordica charantia [Taxonomy_id: 3673, ニガウリ] | Morus nigra [Taxonomy_id: 85232] | Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス] | Musa acuminata [Taxonomy_id: 4641] | Narcissus pseudonarcissus [Taxonomy_id: 39639, ラッパズイセン] | Oncorhynchus keta [Taxonomy_id: 8018, シロザケ] | Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ] | Parkia platycephala [Taxonomy_id: 185447] | Phaseolus lunatus [Taxonomy_id: 3884] | Phaseolus vulgaris [Taxonomy_id: 3885, インゲンマメ] | Phlebodium aureum [Taxonomy_id: 218620] | Phytolacca americana [Taxonomy_id: 3527, ヨウシュヤマゴボウ] | Pisum sativum [Taxonomy_id: 3888, エンドウ] | Plecoglossus altivelis [Taxonomy_id: 61084, アユ] | Pleurotus ostreatus [Taxonomy_id: 5322, ヒラタケ] | Polyandrocarpa misakiensis [Taxonomy_id: 7723] | Polygonatum multiflorum [Taxonomy_id: 45371] | Psathyrella velutina [Taxonomy_id: 71681, ムジナタケ] | Pseudomonas aeruginosa [Taxonomy_id: 287, 緑膿菌] | Psophocarpus tetragonolobus [Taxonomy_id: 3891] | Pteria penguin [Taxonomy_id: 113549, マベ | マベガイ] | Rana catesbeiana [Taxonomy_id: 8400, ウシガエル] | Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット] | Rattus rattus [Taxonomy_id: 10117, エジプトネズミ | クマネズミ] | Rhizoctonia solani [Taxonomy_id: 456999] | Ricinus communis [Taxonomy_id: 3988, トウゴマ] | Salvia viridis [Taxonomy_id: 49221] | Sambucus ebulus [Taxonomy_id: 28503] | Sambucus nigra [Taxonomy_id: 4202, セイヨウニワトコ] | Sambucus sieboldiana [Taxonomy_id: 45463, ニワトコ] | Scilla campanulata [Taxonomy_id: 81759] | Sclerotinia [Taxonomy_id: 5179, スクレロティニア属] | Silurus asotus [Taxonomy_id: 30991, ナマズ] | Sinularia lochmodes [Taxonomy_id: 301888] | Solanum lycopersicum [Taxonomy_id: 4081, トマト] | Solanum tuberosum [Taxonomy_id: 4113, ジャガイモ] | Sophora japonica [Taxonomy_id: 3897, エンジュ] | Spirinchus lanceolatus [Taxonomy_id: 136040, シシャモ] | Streptomyces lividans [Taxonomy_id: 1916, ストレプトマイセス・リビダンス] | Streptomyces olivaceoviridis [Taxonomy_id: 1921, ストレプトマイセス・オリバセオビリディス] | Sus scrofa [Taxonomy_id: 9823, イノシシ] | Tachypleus tridentatus [Taxonomy_id: 6853, カブトガニ] | Trichosanthes kirilowii var. japonica [Taxonomy_id: 61011, キカラスウリ] | Trimeresurus flavoviridis [Taxonomy_id: 88087] | Triticum aestivum [Taxonomy_id: 4565, コムギ] | Tulipa gesneriana [Taxonomy_id: 13306] | Ulex europaeus [Taxonomy_id: 3902, ハリエニシダ] | Urtica dioica [Taxonomy_id: 3501, セイヨウイラクサ] | Vicia faba [Taxonomy_id: 3906, ソラマメ] | Vicia villosa [Taxonomy_id: 3911, ビロードクサフジ] | Vigna radiata [Taxonomy_id: 157791, リョクトウ] | Viscum album [Taxonomy_id: 3972, セイヨウヤドリギ] | Wisteria floribunda [Taxonomy_id: 3922, フジ] | Xenopus laevis [Taxonomy_id: 8355, アフリカツメガエル]"
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)1
最終更新日(調査日)2019/05/17 (2019/07/02)
利用できるIDなし
IDを使った成果物の利用方法適用なし
外部リンクNCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) | Pfam (http://pfam.janelia.org) | PDB (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)
論文等(PubMed ID)pmid:805787 | pmid:12223272 | pmid:12968376 | pmid:15943812 | pmid:17947995
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