成果物名 ATTED II
成果物の別名 Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
成果物に関する説明

ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ(58実験、1388スライド)です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank(MR)です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。

成果物のタイプ DB
運用機関 東北大学 | 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
機関所在国 日本
サイトURL http://atted.jp/
インターフェイス GUI
入力例

画面上部のテキストボックスに”MYB2”を入力して、[Search]ボタンをクリックする。検索結果一覧テーブルの右の[list]リンクをクリックすると共発現遺伝子が表示される。

キーワード
共発現 | シスエレメント | マイクロアレイ | TSS
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 50560|http://atted.jp/top_download.shtml からファイルダウンロード
使っている外部リソース AtGenExpress
主な対象データ 遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ
生物種
"Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ]"
利用条件 表示 - クリエイティブ コモンズ
データ更新頻度 (過去2年間) 3回/年
最終更新日(調査日) 2013/08/17 (2013/08/18)
利用できるID
AGI code
IDを使った成果物の利用方法 http://atted.jp/data/cor/[AGI code].html
外部リンク

EBI(http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) | KEGG(http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html) | TAIR(http://arabidopsis.org/index.jsp) | RAP-DB(http://rapdb.dna.affrc.go.jp/) | SALAD Database(http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/) | NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) | TIGER | MIPS(http://mips.helmholtz-muenchen.de/cgi-bin/proj/thal/search_gene) | SIGnAL(http://signal.salk.edu/) | Arabidopsis MPSS Plus(http://mpss.udel.edu/at/) | Arabidopsis eFP Browser(http://bbc.botany.utoronto.ca/efp/cgi-bin/efpWeb.cgi) | AthaMap(http://www.athamap.de/index.php) | KATANA(http://www.kazusa.or.jp/katana/index.html) | TilViz(http://jsp.weigelworld.org/tileviz/tileviz.jsp)

論文等(PubMed ID)

pmid:18953027 | pmid:17130150 | pmid:19767600 | pmid:19620096 | pmid:17932064