| 成果物名 | LigandBox |
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| 成果物の別名 | LIGANDs Data Base Open and eXtensible |
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| 成果物に関する説明 | LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の３次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。LigandBox(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)はJBICによって、分子シミュレーションシステムmyPrestoの一部として開発され,新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）によって開発支援を受けています。3次元構造データの作成は、ナミキ商事株式会社からいただいた2Dの化合物データをもとに行っています。本データベースの３次元構造は、計算により生成されたものであり、試薬ベンダー等の保有する化合物と厳密には一致しない場合があります。 |
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| 成果物のタイプ | DB |
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| 運用機関 | 大阪大学 | 産業技術総合研究所 |
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| 機関所在国 | 日本 |
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| サイトURL | http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/index.cgi?LANG=ja | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/ligandbox/desc.html |
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| インターフェイス | GUI |
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| 入力例 | 低分子化合物名を入力する、または、ナミキ商事、キシダ化学の低分子化合物の商品番号、PDBの低分子化合物の三文字表記、KEGGのCOMPOUNDやDRUGのID、ChEMBL、PubChemのIDを入力して、送信することで化合物を検索できる。 |
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| キーワード | 低分子化合物 | ３次元構造 | MD計算 |
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| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 27.7GB|http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/lbox_download.cgi?LANG=ja |
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| 使っている外部リソース | PDB |
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| 主な対象データ | 低分子化合物立体構造 |
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| 生物種 | なし |
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| 利用条件 | なし |
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| データ更新頻度 (過去2年間) | 随時 |
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| 最終更新日（調査日） | 2018/08/13 (2021/12/09) |
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| 利用できるID | PDBID | KEGG_ID | PubChem_ID | ChEMBL_ID | SMILES |
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| IDを使った成果物の利用方法 | http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/lbox_propsch_input.cgi?LANG=ja | http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/lbox_strsch_input.cgi?LANG=ja |
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| 外部リンク | PDB |
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| 論文等（PubMed ID） | pmid:27493549 |
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| 稼働状況 | 稼働中 |
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