成果物名 KATANA
成果物の別名 シロイヌナズナ遺伝子情報データベース
成果物に関する説明

シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。多くのデータベース間での変化は、同じ遺伝子を別の注釈を付けることができます。命名規則を鑑み、我々はWebベースのツールKATANA(かずさシロイヌナズナアノテーション抄録; http://www.kazusa.or.jp/katana/)を開発し、ユーザーがシロイヌナズナのゲノム情報に関連する公共のデータベースに1つのサイトからの検索できるように誘導します。(出典:論文より)このツールには、遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー(GO)ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法(MPSS)の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。このツール内のエントリにはそれらのデータベースへのハイパーリンクがあり、元のサイトにアクセスすることで詳細化できます。代謝経路とGOタームの高度な検索も行うことができます。(出典:オリジナルペーパーより)

成果物のタイプ DB
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://www.kazusa.or.jp/katana/index.html
インターフェイス GUI
入力例

調査中

キーワード
シロイヌナズナ | データベース | アノテーション | 遺伝子オントロジー | 代謝経路
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース TAIR | TIGR | KEGG | AtTFDB | MIPS | AraCyc
主な対象データ 遺伝子発現 、代謝経路、GO
生物種
"Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ]"
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 2年以上なし
最終更新日(調査日) 2007/02/19 (2009/10/13)
利用できるID
N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

TAIR | TIGR | MIPS| KEGG | AraCyc | agris | MPSS | GO

論文等(PubMed ID)

KATANA: A web-based guide to public databases for Arabidopsis genomic information Kentaro Yano, Tomoko Dansako, Nozomu Sakurai, Hideyuki Suzuki, Daisuke Shibata, Plant Biotechnology 22(3), 225-229 (2005).