成果物名 DAGViz
成果物の別名 非循環有向グラフビューアー
成果物に関する説明

DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする43の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG(各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス)を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。(オリジナルサイトから)

成果物のタイプ DB
運用機関 かずさDNA研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://www.pgb.kazusa.or.jp/dagviz/
インターフェイス GUI
入力例

[Keyword]テキストボックスに”response to stress”と入力し、[Select one or more Database(s) ]欄から”Arabidopsis thaliana”を選択して、”Search GO”ボタンを押す。

キーワード
"オントロジー | 非循環有向グラフ | Agrobacterium tumefaciens str. C58 (根頭がん腫病病原菌) | Anaplasma phagocytophilum HZ (ヒト顆粒球アナプラズマ症病原体) | Campylobacter jejuni RM1221 (腸炎原因菌) | ... More
  • Agrobacterium tumefaciens str. C58 (根頭がん腫病病原菌)
  • Anaplasma phagocytophilum HZ (ヒト顆粒球アナプラズマ症病原体)
  • Campylobacter jejuni RM1221 (腸炎原因菌)
  • Candida albicans (カンジダ症原因菌)
  • Clostridium perfringens ATCC 13124 (嫌気性食中毒菌)
  • Ehrlichia chaffeensis Arkansas (ヒト単球エーリキア症病原体)
  • Methylococcus capsulatus Bath (メタン資化性菌)
  • Neorickettsia sennetsu Miyayama (腺熱リケッチア症原因菌)
  • Pseudomonas syringae DC3000 (植物病原菌)
  • Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (植物病原菌)
  • Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
  • Shewanella oneidensis MR-1 (金属無毒化細菌)
  • Trypanosoma brucei (熱帯アフリカ寄生原虫)
"
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース CGD | PAMGO | SGD | Sanger GeneDB | DictyBase | EBI | WormBase | ZFIN | FlyBase | MGI | RGD | TAIR | Gramene | SGN | CSHL | EcoCyc | PsedoCAP
主な対象データ アノテーション GO
生物種
"Agrobacterium tumefaciens str. C58 | Anaplasma phagocytophilum HZ | Arabidopsis thaliana | ... More
  • Agrobacterium tumefaciens str. C58 [Taxonomy_id: 176299, アグロバクテリウム・ツメファシエンス]
  • Anaplasma phagocytophilum HZ [Taxonomy_id: 212042, アナプラズマ・ファゴサイトフィルム]
  • Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ]
  • Bacillus anthracis str. Ames [Taxonomy_id: 198094, 炭疽菌]
  • Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ]
  • Caenorhabditis elegans [Taxonomy_id: 6239, 線虫]
  • Campylobacter jejuni RM1221 [Taxonomy_id: 195099, カンピロバクター・ジェジュニ]
  • Candida albicans [Taxonomy_id: 5476, カンジダ・アルビカンス]
  • Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 [Taxonomy_id: 246194, カーボキシドサーマス・ハイドロゲノフォルマンス]
  • Clostridium perfringens ATCC 13124 [Taxonomy_id: 195103, ウェルシュ菌]
  • Colwellia psychrerythraea 34H [Taxonomy_id: 167879, コルウェリア・サイクレリスラエ]
  • Coxiella burnetii RSA 493 [Taxonomy_id: 227377, Q熱コクシエラ]
  • Danio rerio [Taxonomy_id: 7955, ゼブラフィッシュ]
  • Dehalococcoides ethenogenes 195 [Taxonomy_id: 243164]
  • Dictyostelium discoideum [Taxonomy_id: 44689, キイロタマホコリカビ]
  • Drosophila melanogaster [Taxonomy_id: 7227, キイロショウジョウバエ]
  • Ehrlichia chaffeensis Arkansas [Taxonomy_id: 205920, エーリキア・シャフェンシス]
  • Escherichia coli [Taxonomy_id: 562, 大腸菌]
  • Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ]
  • Geobacter sulfurreducens PCA [Taxonomy_id: 243231, ゲオバクター・スルフレデュセンス]
  • Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]
  • Hyphomonas neptunium ATCC 15444 [Taxonomy_id: 228405, ハイフォモナス・ネプチュニウム]
  • Leishmania major [Taxonomy_id: 5664, 森林型熱帯リーシュマニア]
  • Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 [Taxonomy_id: 265669, リステリア菌]
  • Magnaporthe grisea [Taxonomy_id: 148305, イネいもち病菌]
  • Methylococcus capsulatus str. Bath [Taxonomy_id: 243233, メチロコッカス・カプスラタス]
  • Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス]
  • Neorickettsia sennetsu str. Miyayama [Taxonomy_id: 222891, ネオリケッチア・センネツ]
  • Oomycetes [Taxonomy_id: 4762, 卵菌]
  • Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ]
  • Plasmodium falciparum [Taxonomy_id: 5833, 熱帯熱マラリア原虫]
  • Pseudomonas aeruginosa PAO1 [Taxonomy_id: 208964, 緑膿菌]
  • Pseudomonas fluorescens Pf-5 [Taxonomy_id: 220664, 蛍光菌]
  • Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A [Taxonomy_id: 264730, シリンゲ菌]
  • Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 [Taxonomy_id: 223283, シリンゲ菌]
  • Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット]
  • Saccharomyces cerevisiae [Taxonomy_id: 4932, 出芽酵母]
  • Schizosaccharomyces pombe [Taxonomy_id: 4896, 分裂酵母]
  • Shewanella oneidensis MR-1 [Taxonomy_id: 211586, シェワネラ・オネイデンシス]
  • Silicibacter pomeroyi DSS-3 [Taxonomy_id: 246200, サイリシバクター・ポメロイ]
  • Solanaceae [Taxonomy_id: 4070, ナス科]
  • Trypanosoma brucei [Taxonomy_id: 5691, ブルセイトリパノソーマ]
  • Vibrio cholerae [Taxonomy_id: 666, コレラ菌]
"
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 0
最終更新日(調査日) 2005/10/28 (2009/09/29)
利用できるID
GO ID
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク

AmiGO | Entrez | Uniprot | CGD | PAMGO | SGD | Sanger GeneDB | DictyBase | EBI | WormBase | ZFIN | FlyBase | MGI | RGD | TAIR | Gramene | SGN | CSHL | EcoCyc | PsedoCAP

論文等(PubMed ID)

調査中